Aqui está uma lista dos Melhores softwares gratuitos de visualização de árvores filogenéticas para Windows. Usando esse software, você pode visualizar, analisar e modificar as árvores filogenéticas de diferentes espécies. Ao analisar as árvores evolutivas de diferentes espécies, você pode entender o processo de evolução que ocorreu.
Se eu falar sobre os formatos suportados, esses softwares suportam vários formatos de árvore filogenética. Alguns desses formatos incluem NEXUS, Phylip, Dendro, Text, NeXML e muitos mais. Depois de abrir uma árvore filogenética, você pode visualizá-la em vários layouts. Alguns desses layouts incluem Equal Angle Tree, Average Consensus, Balanced Confidence Network, Rectangular Cladogram, Slanted Cladogram, Circular Phylogram, etc.
Alguns desses softwares apresentam uma Lupa. Mova esta lupa sobre a árvore para ver a visão ampliada daquele rregião. Além disso, alguns softwares vêm com o recurso Localizar e substituir. Este recurso permite localizar um texto na árvore e substituí-lo por outro texto.
Você pode salvar a árvore modificada nos formatos suportados por esses softwares ou exportá-la em diferentes formatos de imagem. Esses formatos de imagem incluem BMP, GIF, JPEG, PNG, etc. Um desses softwares também permite exportar as partes selecionadas da árvore, como Taxa, Conjuntos, Divisões, Rede, etc.
Meu software de visualização de árvore filogenética favorito:
TreeView é meu software de visualização de árvores filogenéticas favorito. Ele não apenas permite que você visualize uma árvore filogenética, mas também permite que você crie uma árvore filogenética por conta própria. Além disso, suporta vários formatos de entrada, incluindo arquivos NEXUS, arquivos PHYLIP, arquivos de texto, etc. Além disso, você também pode salvar a árvore como um gráfico no formato EMF ou WMF.
TreeView
TreeView é um software gratuito de visualização de árvores filogenéticas para Windows. Neste software, você pode abrir e editar as árvores evolutivas de diferentes espécies. Portanto, analisando as árvores evolutivas, você pode estudar como o processo de evolução ocorreu em diferentes espécies. Ele abre cada árvore filogenética em uma nova janela que permite analisar e editar várias árvores evolutivas sem fechar nenhuma delas.
TreeView não é apenas um visualizador de árvores filogenéticas, mas também um software criador de árvores filogenéticas.
As etapas para criar uma árvore filogenética do zero são as seguintes:
Para criar uma árvore filogenética, primeiro você deve criar um arquivo de texto contendo uma lista de nomes de todas as espécies. Os nomes podem ser nomes biológicos ou nomes comuns. Você pode usar Wordpad, Notepad, Notepad++, ou qualquer outro software para essa finalidade. Todos os nomes devem ser escritos de forma que uma linha contenha apenas um nome. Depois de criar uma lista, salve-a no formato TXT. Agora, inicie o TreeView e vá para Arquivo > Importar > Lista de nomes de táxons e selecione o arquivo de texto que você criou e clique no botão Abrir. Depois de abrir o arquivo, você verá que todos os nomes das espécies estão conectados a um único nó com ramificações separadas. Agora, vá em Editar > Editar Árvore para corrigir a árvore filogenética juntando diferentes ramos. Várias ferramentas são fornecidas na barra de ferramentas para editar uma árvore evolutiva. Isso inclui Mover ramificação, Recolher ramificação, Recolher clado, Reenraizarárvore, Girar descendentes, Trocar descendentes, etc. Uma ferramenta Texto também é fornecida para escrever um texto em diferentes nós da árvore. Depois de terminar a edição, salve-o no menu Arquivo.
Veja a captura de tela acima na qual tentei criar uma árvore evolutiva de Mammoth.
Quatro opções de visualização diferentes estão disponíveis no software, ou seja, Não enraizado, Cladograma inclinado, Cladograma retangular e Filograma.
Recursos gerais deste software criador de cladogramas gratuito:
- Suporta vários formatos: arquivos NEXUS (,tre, .trees), arquivos PHYLIP (.phy), CLUSTAL W (.dnd, .ph, .phb), Henning86 (.hng) e arquivos de texto (.txt ).
- Você pode alterar o tamanho e o estilo da fonte.
- Permite copiar a árvore evolutiva simplesmente pressionando a tecla Ctrl+C.
- As opções de impressão e visualização de impressão também estão disponíveis no software.
- Você também pode salvar a árvore como um gráfico nos formatos EMF e WMF.
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Unipro UGENE
Unipro UGENE é um software visualizador de árvore filogenética em destaque que se destina a realizar várias tarefas. Não é apenas um software visualizador de árvore filogenética, mas também um analisador de sequência de DNA mais criador e software criador de fluxo de trabalho.
Por ser um software multifuncional, ele suporta vários formatos de arquivo. Mais de 30 formatos de arquivo são suportados pelo Unipro UGENE. Alguns deles incluem NEXUS, padrão Newick, PHYLIP intercalado, PHYLIP sequencial, texto simples, matriz de frequência de posição, banco de dados UGENE, vetor NTI, pDRAW, GFF, GTF, BAM, FASTA, FASTQ, GenBank, MSF, Mega, etc.
Ele vem com três tipos de layouts de árvore: filograma/cladograma retangular, filograma/cladograma circular e filograma/cladograma não enraizado. Você pode ampliar ou reduzir a árvore usando a roda de rolagem do mouse. Nas configurações do ramo, você pode alterar a cor dos ramos, largura da árvore e altura da árvore. morAlém disso, a cor, fonte e estilo do texto também podem ser alterados. Ele também exibe o comprimento/distância de cada ramificação. Você pode selecionar se deseja mostrar ou ocultar os nomes das espécies e as distâncias dos galhos.
Captura de tela: você pode capturar a tela em vários formatos, como PNG, BMP, JPG, PDF, TIFF, SVG, etc. também está disponível, mas pode salvar a árvore apenas no formato SVG.
Você pode salvar e exportar o projeto em seu próprio formato compatível. Além disso, você também pode imprimir a árvore.
Unipro UGENE é um software visualizador de árvore filogenética gratuito e de código aberto.
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SplitsTree4
SplitsTree4 é outro software visualizador de árvore filogenética gratuito para Windows. Ele permite visualizar, modificar e analisar as árvores evolutivas em vários formatos. Esses formatos incluem arquivos FastA (.fa, .fasta), arquivos Clustal Alignment (.aln), arquivos Phylip Sequences Distance Matrix (.dist, .dst), arquivos MrBayes Partition (.parts), arquivos Newick Tree (. novo, .tre, .tree), Arquivos Nexus (.nxs, .nex, .nexus), Arquivos de rede reticulada (.rnet), Arquivos de sequências de linha única (.txt), etc.
O diagrama de árvore filogenética/rede de árvore filogenética pode ser exibido em oito métodos de divisão diferentes, a saber, Rede de cluster, Envoltório convexo, Ângulo igual, Rede de hibridização, Sem gráfico, Filograma, Rede reticulada, e Ângulo igual à raiz. Por padrão, o diagrama é exibido no método de árvore de divisão de ângulo igual. Para alterá-lo, vá ao menu Desenhar > Selecionar Árvores e clique na guia Divisões. Lá você pode ver um menu suspenso de onde o método de transformação de divisões pode ser selecionado. Após selecionar o tipo de divisão, clique no botão Aplicar. Você também pode modificar cada um desses métodos de divisão de árvore alterando suas propriedades, como porcentagem de deslocamento, reticulações máximas por emaranhado, layout, ângulo máximo, grupo externo, etc. Observe que cada um deles mencionado propriedadesnão é aplicável a todos os métodos de transformação de divisão.
Além do método de transformação de divisões, vários tipos de rede também estão disponíveis para diagramas de árvore filogenética. Algumas delas incluem Equal Angle Tree, Average Consensus, Balanced Confidence Network, Consensus Network, Consensus Tree, Filtered Super Network, etc. Simplesmente vá para Desenhar > Selecionar Árvores e clique na guia Método na segunda linha da janela aberta.
No painel esquerdo do software, você pode visualizar facilmente o número de Taxa, número de divisões, número de redes, etc. em uma árvore. Expanda-os para ver mais detalhes.
Alguns recursos úteis do SplitsTree4:
- Lupa: este recurso está disponível no menu Exibir. Ao habilitar esse recurso, uma lupa fica disponível na interface. Mova este vidro para as diferentes regiões de uma árvore para ver a visão ampliada dessa região. Clique na captura de tela acima paraveja como esta lupa se parece.
- Filtrar Taxa: Vá para Dados > Filtrar Taxa e selecione os taxa que deseja ocultar da árvore filogenética.
- Editar Características: Esta opção está disponível no menu Dados. Você pode adicionar as novas características ou remover as existentes.
- Localizar e substituir: com a ajuda desse recurso, você pode localizar um texto na árvore e substituí-lo por qualquer outro texto. Você pode fazer sua pesquisa diferenciar maiúsculas de minúsculas, apenas palavras inteiras e expressão regular.
Você pode salvar a árvore filogenética modificada em seu próprio formato. Além disso, o recurso de exportação para imagem também é fornecido. Você pode exportar a árvore nos formatos EPS, GIF, JPEG, PNG, BMP, PDF e SVG. Além disso, você também pode exportar as partes selecionadas da árvore, como Taxa, Conjuntos, Divisões, Rede, etc.
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Dendroscópio
Dendroscope é mais um software gratuito de visualização de árvores filogenéticas para Windows. Ele suporta o seguinte tree formatos: Dendro (.dendro), Nexus (.nexus), Newik (.newick), NeXML (.nexml) e Text (.txt).
O dendroscópio vem com alguns exemplos de árvores evolutivas, que você pode visualizar e analisar. Esses arquivos de exemplo incluem peixes, gramíneas e nymphoides. Você também pode modificar o tipo de layout de uma árvore filogenética. Em comparação com outro software visualizador de árvore filogenética nesta lista, este apresenta um bom número de layouts de árvore. Estes incluem Filograma Retangular, Cladograma Retangular, Cladograma Inclinado, Filograma Circular, Cladograma Circular, Cladograma Circular Interno, Filograma Radial e Cladograma Radial. Todos esses layouts estão disponíveis no menu Layout e na barra de ferramentas do software. Além disso, você também pode alinhar toda a rede à esquerda, à direita e em ordem aleatória. Falando sobre o layout da rede, três tipos de algoritmos são fornecidos, ou seja, algoritmos de 2008, 2009 e 2010.
Recursos básicos deste phylog gratuitosoftware de análise de árvores enéticas:
- Você pode copiar a árvore para a área de transferência.
- Ao mover a Lupa na área específica da árvore, o software exibe a visualização ampliada dessa região.
- Localizar e substituir também é fornecida no software, para que você possa encontrar um nome específico na árvore e substituí-lo por outro texto. Os seguintes tipos de opções de pesquisa são fornecidos: diferencia maiúsculas de minúsculas, apenas palavras inteiras e expressão regular.
- Você pode salvar a árvore evolutiva modificada em qualquer um dos formatos de árvore mencionados acima.
- Também permite imprimir o cladograma.
- Você também pode exportar a árvore filogenética em alguns formatos de imagem populares, como BMP, GIF, JPEG, PNG, etc. Além disso, você também pode exportar a árvore para PDF.
A opção
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FigTree
FigTree é um aplicativo baseado em JAVA para visualizar árvores filogenéticas. O número de formatos suportados pelo software não é mencionadod. Eu tentei o formato .tree e ele foi aberto no software. Você pode analisar várias árvores simultaneamente neste software, pois ele abre cada nova árvore em uma nova janela.
Layout de árvore filogenética: três tipos de layout estão disponíveis no software, a saber, Layout de árvore retangular, Layout de árvore polar e Layout de árvore radial. Todos esses layouts estão acessíveis no painel esquerdo do software. A exibição de cada um desses layouts pode ser variada alterando suas propriedades. Essas propriedades incluem Expansão, Olho de peixe, Comprimento da raiz, Curvatura, etc. Você encontrará diferentes propriedades disponíveis para diferentes layouts.
Na seção Aparência, você pode alterar alguns fatores gerais da árvore filogenética, como largura da linha, cores de fundo, etc. Além disso, você também pode destacar diferentes regiões da árvore e os nomes de diferentes espécies com cores diferentes.
Anotar é um recurso útil of Figueira. Usando esse recurso, você pode alterar qualquer um dos nomes na árvore. Basta selecionar o nome que deseja alterar e clicar no botão Anotar na barra de ferramentas e substituí-lo por outro nome. Você também pode importar as anotações para o software, mas o formato de entrada para essa finalidade não é mencionado.
Ao usar a opção Localizar , você pode pesquisar o seguinte: Rótulo Texon, Comprimento do Ramo, Idade do Nó, Nome, Altura, Qualquer Anotação, etc. quiser, você pode realizar pesquisas Diferenciar maiúsculas e minúsculas. Além disso, alguns filtros também estão disponíveis, como contém, começa com, termina com, expressão regular, etc.
Você pode exportar a árvore filogenética nos formatos PDF, SVG, PNG e JPEG.
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BayesTrees
BayesTrees é um software visualizador de árvore filogenética muito simples para Windows. Você pode abrir uma árvore filogenética neste software com qualquer um dos seguintes formatos: Nexus Trees e Bayes Trees. Ele vem com alguns exemplos de árvores filogenéticas que você pode visualizar neste software e analisar.
Estilo de árvore filogenética: Possui 6 estilos de árvore diferentes, ou seja, Normal, Arco, Curvo, Caído, Balões e Inclinado. Todos esses estilos de árvore estão disponíveis em uma caixa suspensa no menu da barra de ferramentas.
Você também pode escalar a árvore para qualquer uma das direções esquerda ou direita.
A árvore modificada pode ser salva nos seguintes formatos: Nexus tree, Bayes tree, Strict Phylip, e Rerelaxado Phylip. Além disso, você também pode salvar a árvore nos formatos de imagem PNG, BMP, JPG, TIFF, GIF, EMF, etc.
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TreeGraph 2
TreeGraph 2 é mais um software gratuito de visualização de árvores filogenéticas para Windows que permite visualizar e editar as árvores filogenéticas. Ele suporta vários formatos, incluindo os formatos TreeGraph 2 XML, PhyloXML, NeXML, Nexus File e Newick file.
Você pode editar a árvore aplicando diferentes alterações. Alguns deles são fornecidos abaixo:
- Você pode adicionar cores diferentes a diferentes farelosChes ou colorir toda a árvore com uma única cor. A opção de coloração está disponível no menu Formato.
- Você também pode definir os valores mínimo e máximo de distância selecionando diferentes dados de nós/ramificações. Por exemplo, larguras de linha de ramificação, comprimentos mínimos de ramificação, espaço mínimo acima de ramificações, larguras de linha de nó, raio de canto de nós, margem de folha (esquerda, direita, superior e inferior), etc. Os valores de distância pode ser definido apenas em milímetros.
- Dois tipos de visualização estão disponíveis neste freeware, a saber, Cladograma Retangular e Filograma/Cladograma.
- Você pode excluir os táxons existentes ou adicionar novos táxons à árvore.
- A opção de pesquisa também está disponível. Usando esse recurso, você pode pesquisar o nome de qualquer espécie na árvore. Você também pode aplicar os seguintes filtros à pesquisa: diferenciar maiúsculas de minúsculas, apenas palavras e incluir nomes de nós internos.
Depois de editar o gráfico, você pode salvá-lo no formato TreeGraph XML ou exportá-lo em PDF, Nexus, e formato de arquivo Newick.
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MultiDendrogramas
MultiDendrograms é o próximo software gratuito de visualização de árvores filogenéticas para Windows. Ele vem com alguns arquivos de exemplo pré-carregados. Você pode abri-los e analisá-los. Para abrir um arquivo no software, clique no botão LOAD fornecido. Os arquivos de exemplo estão nos formatos TXT, o que significa que suporta os arquivos no formato TXT. Mas não é o caso, quando tentei abrir outros arquivos TXT no software, ele mostra uma mensagem de erro.
Depois de abrir uma árvore filogenética, você pode alterar o diretório da árvorentação em qualquer uma das quatro direções (Leste, Oeste, Norte, e Sul), altere a visualização da árvore selecionando qualquer um dos algoritmos de agrupamento (ligação versátil, ligação única, ligação completa, ligação geométrica, centróide, etc.), variar o tamanho dos nós, mostrar/ocultar rótulos, etc. Não possui nenhuma opção de atualização automática. Portanto, você deve clicar no botão Atualizar após qualquer alteração que fizer.
Salvar: você pode salvar a árvore filogenética nos formatos TXT, árvore Newick, árvore JSON, PNG, JPG e EPS.
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T-REX
T-REX é outro software gratuito para visualizar árvores filogenéticas. Ele oferece suporte aos formatos de arquivo Árvore Newick e T-Rex (.tre). Possui vários arquivos de amostra de árvores filogenéticas. Você pode abri-los no software e analisá-los.
Falando sobre o estilo de árvore, quatro tipos de estilos de árvore estão disponíveis: Hierárquico Vertical, Hierárquico Horizontal, Axial e Radial. Esses estilos de árvore estão disponíveis no menu Editar > Redesenhar o mapa.
Você também pode alterar a cor dos nomes das espécies e ramos da árvore.
A árvore aberta pode ser salva no formato Newick ou em seu próprio formato T-REX (.tre). Além disso, você também pode imprimir a árvore.
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Treefinder
O
Treefinder é outro software gratuito de visualização de árvores filogenéticas. Os formatos suportados por este software não são mencionados, mas tentei os formatos Tree e TXT e ambos os formatos são suportados por ele.
As etapas para abrir uma árvore filogenética no Treefinder são diferentes de outros softwares visualizadores de árvores filogenéticas nesta lista. Vá para Arquivo > Abrir imagem e selecione o formato de arquivo compatível. A árvore filogenética é então aberta como uma imagem. Como a árvore filogenética é aberta como uma imagem, você não pode modificá-la. Mas você pode alterar o estilo da árvore. Isso pode ser feito alterando a topologia da árvore filogenética. Várias topologias incluem Midroot, Reroot, Swap, Collapse, etc. Você encontrará essas topologiases na opção Redesenhar do menu Visualizar.
Permite exportar a árvore em diferentes formatos que incluem TL Tree List, PHYLIP, Newick, NEXUS, etc.