Aqui está uma lista de 10 softwares gratuitos de visualização de arquivos SDF para Windows. SDF é arquivo de dados estruturais e não deve ser confundido com arquivo de dados espaciais (AutoDesk). Um arquivo SDF molecular contém dados sobre seu arranjo estrutural, átomos, resíduos, conectividade de ligação e muito mais. Se você está procurando por visualizadores SDF, pode conferir esta lista. Você pode encontrar o recurso principal de cada software junto com uma breve descrição. Com isso, você pode escolher facilmente o software mais adequado às suas necessidades.
A maioria desses softwares é de código aberto com disponibilidade entre plataformas. Qualquer um dos dez softwares pode abrir facilmente um arquivo SDF e visualizar os dados da estrutura molecular. Alguns softwares oferecem visualização bidimensional e alguns também oferecem visualização tridimensional. Você pode abrir várias moléculas para analisar a estrutura e encontrar erros estruturais. Você também pode visualizar as superfícies orbitais e de densidade das moléculas.
Alguns softwares são embalados com muito mais recursosuras além do visualizador SDF. Você pode abrir vários tipos de arquivo e arquivos de dados de outros programas de química computacional. Por último, mas não menos importante, você pode exportar a visualização para vários formatos, incluindo PDF, PNG, JPG, POV-ray, WRL, OBJ, etc.
Meu visualizador SDF favorito
Jmol é meu visualizador de arquivos SDF favorito. É de código aberto e está disponível para Windows, macOS e Linux. Este software possui uma interface simples de navegar onde você pode visualizar as estruturas 2D e 3D das moléculas. Ele pode visualizar mais de 60 formatos de arquivo, incluindo suporte para vários arquivos de dados de software de química quântica. Por último, mas não menos importante, permite exportar a visualização para vários formatos diferentes, incluindo JPG, GIF, PDF, POV-ray, etc.
Jmol
Jmol é um programa visualizador de moléculas de código aberto. Ele pode visualizar estruturas químicas em 3D. Este programa pode ser executado em fnossos diferentes modos: programa Java autônomo, aplicativo da Web HTML-5, applet Java e um componente do lado do servidor “headless”. Este programa pode ler vários tipos de arquivo e também pode abrir a saída de QuantumEspresso, Gaussian, MOPAC, GAMESS, CASTEP, CRYSTAL, VMD e muitos outros programas populares.
Principais características:
- Execute em 4 modos diferentes
- Suporte multilíngue
- Visualizar moléculas e estruturas de materiais
- Suporta mais de 60 formatos de arquivo, incluindo PDB, PyMOL, SDF, MOL, CIF, SDF, MOL, PSE, etc.
- Suporta tipos de arquivo de vários softwares de química quântica
- Abra e compare vários arquivos
- Capacidade total de simetria cristalográfica
- Exportar para os formatos PDF, GIF, PNG, JPG, WRL, POV-Ray e OBJ
- Interface de usuário personalizável e muito mais
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IQmol
IQmol é um programa visualizador e editor de moléculas de código aberto gratuito. Este programa pode abrir facilmente SDF e muitos outros tipos de arquivo. Ele vem com um editor molecular que também pode gerar superfícies orbitais e de densidade com animação. O IQmol é integrado ao pacote de química quântica Q-Chem. Isso oferece aos usuários um ambiente intuitivo para configurar, executar e analisar cálculos Q-Chem.
Principais características:
- Código aberto e plataforma cruzada
- Suporte multilíngue
- Desenhar e visualizar moléculas e estruturas de materiais
- Construtor de forma livre com m integradomecânica olecular
- Suporta vários formatos de arquivo de química computacional
- Visualização do modelo hierárquico
- Visualização de orbitais moleculares e densidades
- 4 visualizações de modelo, incluindo tubos, wireframes, VDW e CPK
- Suporte à biblioteca OpenBabel
- Gerar arquivos de filme de animação de moléculas
- Exportação para exportação de espectros e raios POV
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Avogrado
Avogrado é outro programa visualizador e editor de moléculas multiplataforma gratuito. Está disponível para Windows, macOS e Linux. Este programa é usado para química computacional, modelagem molecular, bioinformática, ciência dos materiais e áreas afins. Avogadro pode facilmente abrir arquivos SDF com renderizações de alta qualidade.
Principais características:
- Código aberto e plataforma cruzada
- Suporte multilíngue
- Desenhar moléculas e estruturas de materiais
- Suporta vários formatos de arquivo de química computacional
- Abra a importação Babel de arquivos químicos
- Geração de entrada para vários pacotes de química computacional
- Extensões para funcionalidade adicional
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Molécula
Molekel é um programa gratuito de visualização de moléculas que pode visualizar arquivos SDF. Este é um programa de código aberto disponível para Windows, macOS e Linux. Ele usa métodos diferentes para renderizar rapidamente as estruturas da molécula e visualizar as superfícies orbitais, superfícies SAS, superfícies SES, superfícies de Van der Waals, iso-superfície da matriz de densidade e iso-superfície dos dados da grade do cubo gaussiano.
Principais características:
- Código aberto e plataforma cruzada
- Suporte multilíngue
- Visualizar moléculas e estruturas de materiais
- Suporta vários formatos de arquivo de química computacional
- Animação de superfícies moleculares
- Animação de modos vibracionais
- Sombreadores programáveis
- Exportar para imagem de alta resolução, PDF, PostScript e animação
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Swiss-PdbViewer
Swiss-PdbViewer é um programa multiplataforma gratuito que pode visualizar arquivos SDF. Também é conhecido como DeepView. Este programa pode visualizar e analisar várias proteínas ao mesmo tempo. Pode sobrepor moléculas para comparar e deduzir seus alinhamentos de estrutura. pode vircompare modelos para encontrar erros de modelo, calcular superfícies, potenciais eletrostáticos, examinar mapas de densidade de elétrons e muito mais.
Principais características:
- Plataforma cruzada
- Suporte multilíngue
- Visualizar moléculas e estruturas de materiais
- Suporta vários formatos de arquivo de química computacional
- Cor de superfícies por meio de átomos ou cavidades
- Exportar para POV-ray
- Extensa integração com servidores da Web
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Molegro Molecular Viewer
Molegro Molecular Viewer é um software gratuito para visualizar moléculases e resultados do Molegro Virtual Docker. Este software está disponível apenas para Windows. Ele pode preparar moléculas automaticamente e visualizar as superfícies e a espinha dorsal da molécula. Ele pode cortar as moléculas e cortar os aviões. Este software suporta arquivos Molegro Virtual Docker MVDML e alinha a estrutura da proteína.
Principais características:
- Visualizar e compartilhar estruturas moleculares e materiais
- Suporte multilíngue
- Importa e exporta formatos de arquivos moleculares comuns, como PDB, SDF, Mol2, etc.
- Suporta arquivos Molegro Virtual Docker MVDML
- Raytracer integrado para imagens de alta qualidade
- Rótulos, visualizador de sequência
- Gerador de biomoléculas
- Suporte para fluxos de trabalho KNIME
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CueMol
CueMol é outro programa de plataforma cruzada para visualizar arquivos SDF. Este programa está disponível para macOS e Linux, bem como para Windows. É bom para visualização de estruturas macromoleculares e também pode criar estruturas moleculares. CueMol pode facilmente abrir coordenadas moleculares (formato PDB), dados de superfície MSMS, mapa de potencial eletrostático APBS (formato OpenDX) e densidade eletrônica (formatos CCP4, CNS e MTZ).
Principais características:
- Plataforma cruzada
- Visualizações moleculares baseadas em guias
- Visualizar molécula com renderização de borda
- Suporte para cenas multimoleculares
- Suporta vários formatos, incluindo PDB, MSMS, OpenDX, X-PLOR/CNS, MAP, etc.
- Armazene e restaure cenas em formato XML
- Animar o movimento da câmera e a transformação da estrutura
- Exportar paraPOV-ray e criação de filmes
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iMol
iMol é outro programa gratuito de visualização de moléculas de código aberto. Está disponível para Windows e Linux. Ele pode visualizar formatos de arquivo de dados estruturais de química computacional comuns, incluindo o formato MDL MOL. Ele pode abrir várias estruturas moleculares ao mesmo tempo com vários estilos de renderização e também pode animar as trajetórias de dinâmica molecular e trajetórias de dinâmica molecular, resíduos e átomos.
Principais características:
- Código aberto
- Suporte multilíngue
- Visão hierárquica do molecregras
- Renderização estéreo
- Animar átomos moleculares, trajetórias dinâmicas
- Coloração de superfície e espinha dorsal
- Exportar para POV-ray
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BALLView
BALLView é um programa independente oferecido pelo BALL Project. Este programa é projetado para fácil visualização e modelagem molecular. Ele pode facilmente visualizar átomos, ligações e superfícies. Além disso, também oferece suporte a visualizações baseadas em grade, como potenciais eletrostáticos. Ele pode abrir várias moléculas simultaneamente.
Principais características:
- Suprimento multilíngueou
- Visualizar moléculas e estruturas de materiais
- Suporta formatos de arquivo de química computacional comuns
- Modo estéreo diferente com navegador espacial
- Dispositivos de entrada compatíveis com VRPN
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SDFReader
SDFReader é um programa gratuito para visualizar arquivos de dados de estrutura. Este é um programa de código aberto disponível para Windows e Linux. É um programa simples com uma interface mínima. Os usuários podem abrir diretamente o arquivo SDF para visualizá-lo. Este programa mostra a estrutura da molécula junto com dados adicionais armazenados no arquivo SDF.
Principais características:
- Código aberto
- Suporte multilíngue
- Visualizar moléculas e estruturas de materiais
- Sve dados no formato de banco de dados sqlite3