Aqui está uma lista do melhor software visualizador de PDB gratuito para Windows. Arquivos PDB ou Protein Data Bank carregam dados textuais sobre estruturas tridimensionais de grandes moléculas biológicas. Ele também carrega informações sobre estruturas atômicas, coordenadas atômicas, estrutura de proteínas, estrutura de ácido nucleico, etc. Para visualizar a estrutura 3D usando os dados de texto de um arquivo PDB, você precisa de um software visualizador de PDB. Esses softwares listados geram e mostram rapidamente a estrutura molecular 3D usando um arquivo PDB, que você também pode analisar. Para visualizar adequadamente uma estrutura molecular 3D, esses softwares oferecem algumas ferramentas de visualização úteis, como zoom, orientação, visualização em estrutura de arame, visualização ortogonal, etc. Além dos arquivos PDB, você também pode abrir outros dados moleculares contendo arquivos por meio de esses softwares como ALC, BIO, CAR, MOL, HIN, etc.
Em alguns softwares, você também pode encontrar ferramentas úteis de edição e aprimoramento de modelos atravésgh que você pode adicionar novos nós, redesenhar a estrutura da proteína, alterar as cores dos módulos da estrutura, etc. Além disso, ferramentas de análise estrutural como calcular energia, calcular H- vínculo, domínio de análise, etc., também estão presentes nesses visualizadores de PDB gratuitos. Renderização é outro recurso presente em alguns visualizadores PDB que permite renderizar a estrutura molecular de acordo com os parâmetros definidos pelo usuário. Depois de renderizar um modelo, você pode salvá-lo em PNG, BMP e outros formatos de imagem. Os dados textuais de um modelo também podem ser salvos em formatos como PDB, ENT, BIO, etc. Em geral, todos esses visualizadores oferecem todas as ferramentas de visualização de arquivos PDB necessárias, além de algumas ferramentas adicionais que você pode facilmente usar. Percorra a lista para saber mais sobre esses softwares.
Meu software visualizador de PDB favorito para Windows:
IQmol é meu software visualizador de PDB favorito, pois fornece todas as ferramentas essenciais de visualização de estruturas moleculares em 3D. Além disso, éoferece muitas ferramentas de construção que você pode usar para criar uma nova ou editar uma estrutura molecular de arquivo PDB existente.
Molekel é outro software visualizador de PDB útil, pois também oferece ferramentas essenciais de visualização, análise e construção.
IQmol
IQmol é um software visualizador de PDB de código aberto gratuito para Windows, Linux e MacOS. Usando este software, você pode visualizar uma estrutura molecular de arquivo PDB, editar a estrutura molecular, construir uma nova estrutura moleculare realizar cálculos moleculares.
A visualização de uma estrutura molecular é bastante fácil, pois mostra imediatamente a estrutura molecular em sua interface assim que você carrega um arquivo PDB nele. Além disso, permite visualizar o modelo de todas as direções com a ajuda do mouse e ampliar a estrutura usando oe roda do mouse. Nele, você também pode visualizar a estrutura molecular presente em outros formatos de arquivo como MOL, SMI, CUBE, etc. Após visualizar uma estrutura molecular, você pode salvá-la no mesmo PDB arquivo ou em outros formatos de arquivo como CML, MOL, GZMAT, XYZ, etc.
Principais características do IQmol:
- Exibição: usando-o, você pode alterar a projeção do modelo molecular, ajustar a aparência do modelo, e adicionar rótulos atômicos (massa do átomo , carga parcial, densidade de rotação, etc.) ao modelo.
- Construir: fornece várias ferramentas com as quais você pode fazer várias alterações no modelo existente, como alteração na simetria do modelo, alteração no campo de força, adição de novos átomos, alteração na estrutura , etc.
- Cálculo: usando-o, você pode calcular energia da estrutura molecular, forças, varredura PES, estado de transição, mudanças químicas, etc.
F adicionalcaracterísticas:
- Snapshot: permite tirar instantâneos da estrutura molecular em uma visualização específica que você pode salvar em PNG, PPM, BMP, e FIG formatos.
- Animação: este recurso tira instantâneos contínuos da estrutura que você pode salvar nos formatos BMP, PNG, e PPM.
Considerações finais:
É um software visualizador de PDB realmente bom, pois não apenas permite que você visualize a estrutura molecular, mas também permite que você execute outras tarefas úteis, como cálculo, edição de estrutura, construção de estrutura, etc.
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Molécula
Molekel é outro software visualizador de PDB de código aberto gratuito para Windows, Linux e MacOS. Através deste software, você pode facilmente visualizar estruturas moleculares 3D de diferentes arquivos moleculares, incluindo PDB como RXN, SDF, TMOL, VMOL, ZMAT, etc. A estrutura molecular fornecida por este software é muito limpa e fácil de analisar. Ao clicar e arrastar o mouse sobre a estrutura molecular, você pode visualizar a estrutura de diferentes direções.
Principais recursos deste visualizador de arquivos PDB:
- Exibir: permite fazer alterações na estrutura 3D e também mostra todas as alterações na estrutura em tempo real. Alterações como Estrutura do átomo (Hemisphere, SoSphere, Full Sphere, etc.), Estrutura de Ligação (Cilindro, SoCilindro, Semicilindro, etc.), Estrutura de Resíduos (Arame, Bastão, Fita de Linha, etc.), etc., podem ser feitas usando-o.
- Análise: usando-o, você pode analisar dados da grade, densidade de rotação, potencial eletrostático molecular, espectro de radiação, etc., da estrutura molecular.
- Superfícies: permite alterar a densidade de elétrons da superfície da estrutura e permite adicionar superfície acessível por solvente sobre a estrutura.
- Animação: Permite gravar os movimentos da estrutura molecular em forma de animação.
Depois de visualizar a estrutura molecular 3D, você pode salvá-la facilmente nos formatos de imagem PNG e TIFF.
Considerações finais:
É outro poderoso software visualizador de PDB que oferece todas as ferramentas essenciais de visualização de estruturas moleculares 3D.
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Swiss-PdbViewer
Swiss-PdbViewer é um software visualizador de PDB gratuito para Windows e MacOS. Usando este visualizador, você pode visualizar a estrutura da proteína, estrutura do DNA e outras informações presentes em um arquivo PDB. Assim que você abrir um arquivo PDB nele, poderá visualizar um modelo molecular 3D criado por este software usando os dados do arquivo PDB. Para visualizar o modelo de todas as direções, você pode clicar sobre o modelo ae arraste o mouse. Neste software, você também obtém muitas ferramentas de análise para analisar o modelo PDB para saber mais sobre a estrutura molecular. Após a visualização e análise da estrutura molecular 3D, você pode salvá-la no mesmo PDB e nos formatos POV e PNG.
Recursos do Swiss-PdbViewer:
- Exibição: fornece todas as ferramentas de visualização de modelo PDB necessárias, como rotação, eixo, exibição de superfície de ponto, exibição de backbone, exibição de H-bonds, etc. li>
- Construir: usando-o, você pode editar o projeto de modelo PDB existente adicionando ligações, resíduos, c-terminal e outros componentes. Além disso, as opções para remover resíduos, ligações e quebrar o backbone também estão presentes nele.
- Ferramentas: é um menu que oferece várias análises de modelos e ferramentas computacionais, como calcular energia, calcular H-bond, analisar domínio, gerar motivo 3D e muito mais.
- Cor: permite destacar diferentes partes (campo de força, cadeia lateral, proteínas, etc.) do modelo em cores diferentes.
Considerações finais:
É um software simples e fácil de usar se você quiser apenas visualizar os dados do arquivo PDB na forma de uma estrutura molecular.
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Zeus
Zeus é outro software visualizador de PDB gratuito para Windows. É principalmente um software de visualização molecular no qual você também pode visualizar a estrutura molecular of XYZ, MOL, SYBYL e alguns outros formatos. Por meio deste software, você pode gerar facilmente uma estrutura molecular carregando um arquivo PDB contendo os dados da estrutura molecular. Junto com o modelo molecular, também mostra a tabela de átomos (contém ID dos átomos, nome e informações de coordenadas), tabela de ligações (mostra a ligação dos átomos, tipo, comprimento, e descrição) e Tabela de estrutura (contém informações sobre Phi, Psi, Ômega e Cadeia). Nele, você também pode encontrar algumas ferramentas computacionais e de visualização muito boas.
Principais características:
- Visualizar: fornece todas as ferramentas essenciais de visualização da estrutura molecular, como Visualizar modelo, Visualizar átomos, Visualizar estruturas, Visualizar ligações, Estrutura de arame, Rotação automática, etc.
- Ferramentas: oferece algumas ferramentas de computação e edição de estrutura 3D, como Compute H-Bonds, Compute and Add Hydrogens, Bond non-bonded atomos, Clear H-Bonds, etc.
Recursos adicionais:
- Find Sequence: usando-o, você pode encontrar qualquer sequência molecular específica do modelo digitando a sequência inicial.
- Cor: Permite visualizar a estrutura molecular em Monocromático ou em Cor Retro Computing (cor Verde).
Considerações finais:
É outro bom software para gerar e visualizar uma estrutura molecular usando um arquivo PDB.
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Molegro Molecular Viewer
Molegro Molecular Viewer é mais um software visualizador de PDB gratuito para Windows. Com a ajuda deste software, você pode gerar rapidamente uma estrutura molecular usando dados de arquivo PDB. Além do PDB, você também pode usar este software para visualizar arquivos MOL, MDL, SDF, e ENT. É útil apenas visualizar e analisar a estrutura molecular gerada.
Para gerar e visualizar um modelo, basta carregar um arquivo PDB para este software. Para analisar a estrutura de perto, você pode usar a roda do mouse , pois permite ampliar a estrutura. Além disso, ao passar o cursor sobre a estrutura molecular, você pode visualizar as propriedades de diferentes ligações estruturais, como comprimento da ligação, número de átomos, ângulos diedros, etc. Depois de visualizar e analisar uma estrutura molecular PDB, você pode exportá-lo em PDB, MOL, e ENT fiformatos de arquivo.
Recursos do Molegro Molecular Viewer:
- Visualização: permite visualizar a estrutura em diferentes modos, como Visualização de ancoragem, Visualização de preparação, Interações eletrostáticas, Visualização do organizador de poses, etc.
- Ferramentas: usando-o, você pode analisar diferentes aspectos de um modelo, como Superfícies, Matriz RMSD, Ligações de Hidrogênio de Proteínas, Alinhamento Estrutural de Proteínas, etc.
- Rendering: permite renderizar a estrutura na forma de wireframe, bastão, bola e bastão, ou preenchimento de espaço.
Considerações finais:
É outro software visualizador de PDB realmente bom para visualizar e analisar adequadamente diferentes aspectos da estrutura de PDB gerada.
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Biodesigner
Biodesigner é um programa gratuito de modelagem e visualização molecular que também pode ser usado como um software visualizador de PDB. Neste software, você também pode visualizar modelos moleculares presentes em arquivos de outros formatos como ENT, ALC, BIO, CAR, MOL, HIN, etc. também oferece várias ferramentas de computação para calcular aspectos importantes de um modelo. Nele, você também pode obter algumas ferramentas de construção para fazer melhorias no modelo molecular existente. Depois de visualizar e aprimorar um modelo, você pode salvar o modelo nos formatos PDB, ENT, e BIO.
Principais características:
- Visualização: permite visualizar a estrutura,re número do átomo, nome do átomo, nome do resíduo, ângulo de ligação, ângulo de torção, distância entre o desvio RMS, e mais parâmetros de estrutura.
- Construir: usando-o, você pode reconstruir ligações, verificar cadeias de proteínas, renumerar átomos e criar uma imagem espelhada da estrutura 3D .
- Calculo: por meio desse recurso, você pode calcular o alinhamento estrutural, a distância RMSD, as coordenadas RMSD e outros parâmetros da estrutura.
Recursos adicionais:
- Estilo: permite alterar a aparência da estrutura, permitindo que você defina manualmente cor do átomo, material do átomo, estilo do backbone, cor do backbone, etc.
- Renderização: permite adicionar ou remover suavização, desfoque de movimento, sombreamento, indicação de profundidade e outros efeitos da estrutura da proteína 3D.
Considerações finais:
Este visualizador de PDB oferece todas as ferramentas de visualização essenciais junto com alguns recursos úteisferramentas de avaliação.
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CueMol
CueMol é mais um software visualizador de PDB gratuito para Windows, MacOS e iOS. É principalmente uma ferramenta de visualização da estrutura macromolecular que também permite visualizar a estrutura molecular presente em arquivos como PDB, DX, MAP, MTZ, CNS, etc. permite que você visualize várias estruturas moleculares ao mesmo tempo por causa de sua interface multitab. Neste software, você obtém algumas ferramentas úteis de renderização e aprimoramento da estrutura molecular usando as quais podee também criar imagens de estrutura molecular prontas para publicação.
Recursos do CueMol:
- Exibição: usando-o, você pode visualizar a estrutura molecular 3D do arquivo PDB na visualização Perspectiva ou Ortográfica.
- Render: Permite renderizar o modelo molecular usando os métodos POV-Ray e renderização de animação. Antes de renderizar a estrutura, você também pode definir vários parâmetros de renderização, como DPI, resolução, tamanho, tipo de projeção, etc. Depois de renderizar o modelo, você pode visualizar e exportar a estrutura renderizada em PNG formato de imagem.
- Ferramentas: oferece algumas ferramentas de edição de estrutura molecular, como cortador de superfície mol, geração de superfície mol, editor de ligação mol, etc.
Considerações finais:
Este visualizador PDB vem com algumas poderosas ferramentas de renderização e edição de estruturas moleculares que você podeuse para aprimorar ainda mais o modelo.
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PubChem
PubChem é o próximo software visualizador de PDB gratuito para Windows e MacOS. É um software de visualização de estrutura molecular simples no qual você pode visualizar a estrutura molecular presente em um arquivo PDB. Além do PDB, também pode ser usado para visualizar dados moleculares de arquivos PC3D, ASN, SDF, GZIP, e XYZ. Assim que você abre um arquivo PDB nele, este software mostra sua estrutura molecular em dois visualizadores separados, ou seja, Overlay e Telha. De acordo com seus requisitos, você também pode fazer alterações na estrutura usando as configurações de átomos e ligações.
Principais características:
- Visualizador de sobreposição: este visualizador mostra a estrutura molecular 3D gráfica que permite analisar de perto cada ligação e átomos da estrutura. Depois de visualizar a estrutura molecular neste visualizador, você pode salvá-la nos formatos de imagem PNG e JPG.
- Tile Viewer: nele, você pode visualizar várias formações diferentes da estrutura molecular do arquivo PDB de entrada para melhor compreensão da estrutura.
- Átomos: você pode acessá-lo no menu opções que oferece opções para dimensionar o tamanho do átomo, alterar a cor dos átomos, tornar os átomos invisíveis, ocultar carbonos, etc.
- Títulos: fornece opções através das quais você pode alterar a cor dos títulos, habilitar as informações dos títulos, criar títulos invisível, ajuste a largura dos títulos, etc.
Considerações finais:
É um visualizador PDB simples, mas poderoso, no qual você pode visualizar a estrutura molecular 3D de um arquivo PDB.
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RasMol
RasMol é mais um software visualizador de PDB de código aberto gratuito para Windows. É um software simples de visualização de estruturas moleculares 3D que oferece ótimas ferramentas de visualização. No entanto, este software não oferece nenhuma ferramenta de análise. Nele, você pode simplesmente carregar PDB, MOL, XYZ, CIF, MOPAC, e outros arquivos e visualizar sua proteínaestrutura molecular. Além de visualizar a estrutura, você também pode fazer modificações na estrutura padrão por meio deste software. Depois de visualizar e fazer ajustes na estrutura, você pode salvá-la em BMP, GIF, PPM, PICT, VRML, e outros formatos de arquivo.
Recursos do RasMol:
- Display: permite visualizar a estrutura 3D em modos como Wireframe, Backbone, Sticks, Ribbons, Strands, etc.
- Cores: permite destacar diferentes partes da estrutura molecular em cores diferentes, como grupos, cadeia molecular, etc.
- Opções: Usando-o, você pode ativar ou desativar Átomos de hidrogênio, Heteroátomos, Sombras, Rótulos, etc., da estrutura molecular.
Limitações:
A falta de recurso de zoom é a principal limitação deste software, pois o impede de analisar de perto a estrutura molecular.
Considerações finais:
É um software visualizador de PDB simples e direto, através do qual você pode visualizar rapidamente uma estrutura molecular 3D.
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QuteMol
QuteMol é mais um software visualizador de PDB de código aberto gratuito para Windows e MacOS. É uma ferramenta de visualização molecular dedicada que gera uma visualização de alta qualidade da estrutura molecular 3D usando arquivos PDB e VDB. Assim que você carregar um arquivo PDB ou VDB para este software, poderá visualizar uma estrutura molecular 3D em sua interface. Não apenas você pode visualizar uma estrutura molecular 3D nela, mas também pode fazere várias mudanças nas cores e estrutura da estrutura molecular 3D padrão.
Recursos do QuteMol:
- Predefinições: Este software vem com várias predefinições com as quais você pode alterar a aparência, cores e tons da estrutura molecular 3D padrão . Presets como Realistic 1, Cool, Simulated (S.E.M.), Shape Perception, etc., estão presentes nele.
- Geometria: permite alterar a geometria padrão de sua estrutura para Geometria de preenchimento de espaço, Geometria de alcaçuz e Geometria de bolas e palitos . Além disso, opções para alterar cores de átomos e cadeias também estão presentes nele.
- Personalizar: permite ajustar manualmente iluminação, intensidade da luz, cor de base, sugestão de profundidade, halos e outros parâmetros da estrutura 3D para personalizar sua aparência.
- Snapshot: Depois de fazer todos os ajustes na estrutura molecular, você pode usareste recurso para tirar instantâneos da estrutura que você pode salvar nos formatos PNG, JPG, e GIF.
Considerações finais:
É outro software visualizador de PDB direto que permite visualizar e ajustar a estrutura molecular do PDB.
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VMD
VMD é o próximo software visualizador de PDB de código aberto gratuito para Windows, MacOS e Linux. É mais um programa de visualização molecular que permite visualizar estruturas moleculares 3D usando dados de PDB, OFF, MOL, PLY, PQR, GRASP, e outros arquivos. Nissosoftware, você também pode abrir vários arquivos PDB para visualizar várias estruturas moleculares 3D.
Juntamente com uma estrutura molecular 3D, este software também mostra todas as propriedades importantes da estrutura, como número de átomos, número de ligações, número de resíduos, número de fragmentos, etc. Como muitos outros PDB software visualizador, este também permite personalizar a estrutura molecular de acordo com suas necessidades. Depois de fazer ajustes na estrutura molecular, você pode salvar seus dados no formato de arquivo VMD.
Principais recursos do VMD:
- Exibição: usando-o, você pode ajustar a Visualização do modelo molecular (Perspectiva ou Ortográfica), Depth Cueing, Iluminação, Cor de fundo, eixos, etc.
- Gráficos: por meio desse recurso, você pode ajustar a aparência de uma estrutura molecular especificando manualmente o Perfil de cores, Material, e Rótulos.
- Análise: usando-o, você pode realizar análises em ligação de hidrogênio, pontes de sal, energia NAMD, plotagem NAMD e mais elementos da estrutura.
Recurso adicional:
- Rendering: permite que você simplesmente renderize a estrutura e salve-a no formato de imagem BMP.
Considerações finais:
É um software visualizador de PDB gratuito e rico em recursos que oferece ferramentas através das quais você pode analisar e visualizar facilmente uma estrutura molecular 3D de um arquivo PDB.
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BALLview
BALLview é uma ferramenta gratuita de modelagem e visualização molecular que também pode ser usada como um visualizador de arquivos PDB. Este software está disponível para plataformas Windows e MacOS. Além do PDB, ele também suporta outros formatos de arquivo molecular, como MOL, SD, AC, e XYZ.
Recursos do BALLview:
- Exibição: Usando-o, você pode ajustar o ângulo da câmera para visualizar a estrutura molecular 3D de diferentes ângulos. Além disso, ferramentas de orientação geral, como girar, mover, selecionar, etc., também estão disponíveis nele.
- Construir: Nele, você obtém muitas ferramentas de construção de estruturas moleculares que também podem ser usadas para fazer alterações na estrutura molecular existente, como Construir ligações, Construir peptídeos, Gerar cristais, Adicionar hidrogênios , Definir elemento, etc.
- Mecânica Molecular: Usando-o, você pode simular a dinâmica molecular e realizar cálculos de ponto únicona estrutura molecular do PDB de entrada.
- Exportar: Após visualizar e modificar a estrutura molecular de entrada, você pode usar este recurso para exportar a estrutura molecular em PNG, STL, VRML, POV, e alguns outros formatos.
Considerações finais:
É um software visualizador de PDB rico em recursos e poderoso que oferece uma visualização realmente boa e ferramentas de construção de estrutura 3D.
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COSMOview
COSMOview é outro software visualizador de PDB gratuito para Windows. Usando este software, você pode gerar e visualizar 3Destrutura molecular usando dados presentes em PDB, SDF, COORD, WRL, CCF, e outros formatos de arquivo. Apenas carregando um arquivo PDB nele, você pode visualizar sua estrutura molecular 3D. Ao usar o mouse e a roda do mouse, você pode se mover facilmente pela estrutura 3D e também aplicar zoom em qualquer parte da estrutura. Depois de visualizar a estrutura, você pode salvá-la no formato PNG.
Recursos:
- Alternar exibição de estrutura de arame: usando-o, você pode visualizar a estrutura molecular na visualização de estrutura de arame.
- Opções do visualizador: Através desta opção, você pode definir manualmente largura da linha de ligação da estrutura, raio, cores de ligação, raio de átomos, cor de fundo, etc.
Limitações:
Alguns recursos deste software não estão funcionando, como Toggle Sigma Surface, Toggle Molecule, Display Info, etc.
Considerações finais:
É um dos softwares visualizadores de PDB mais simples, através do qual você pode visualizar rapidamente um PDBestrutura molecular. No entanto, não fornece nenhuma ferramenta de análise como outros softwares semelhantes.