Aqui está uma lista dos melhores softwares gratuitos de visualização de moléculas para Windows. Esses softwares são úteis para os entusiastas da ciência visualizarem e estudarem estruturas moleculares em 3D. Para visualizar as estruturas da molécula, você precisa importar um arquivo de molécula. A maioria desses softwares de visualização de moléculas suporta diferentes formatos de arquivo, incluindo Protein Databank (PDB), Molecular Model Files (XYZ), Alchemy File Format, Sybyl MOL2 Format, MDL Mol File Format, CIF File Format, MOPAC File Format , etc. As propriedades das moléculas também são exibidas nestes, que incluem estatísticas relacionadas a átomos, ligações, número de massa, número atômico, etc. Em alguns deles, você pode até editar moléculas ou crie arquivos de moléculas do zero.
Para facilitar o processo de visualização molecular, eles fornecem todas as ferramentas de exibição e navegação essenciais e algumas avançadas. Você pode personalizar a estrutura da molécula exibida alterando o estilo de renderização molecular such como Wireframe, Backbone, Sticks, Spacefill, Balls & Stick, Ribbons, Strands, etc. Além disso, você pode personalizar preferências como mostrar rótulos, esquemas de cores, luz pontual, sugestão de profundidade, halos, luz ambiente, bordas, etc. Você pode navegar facilmente pela estrutura molecular usando ferramentas como ampliar/diminuir, girar, girar automaticamente, mover, girar, etc.
Você também pode exportar a estrutura personalizada da molécula como uma imagem em todos esses softwares visualizadores de moléculas. Além disso, alguns deles permitem que você crie uma animação de moléculas também.
Meu visualizador de moléculas grátis favorito para Windows
Dessa lista, gostei mais de IQmol . É um visualizador de moléculas 3D rico em recursos, bem como um software editor de moléculas. Além disso, sua interface é bem projetada, o que proporciona uma boa experiência de visualização de moléculas. Molekel é o meu segundo favorito, pois suporta um bom número de formatos de arquivo de moléculas. Avogadroé bom também porque você obtém algumas ferramentas adicionais como Animar Trajetória, Otimizar Geometria, Calcular Energia, Configurar Campo de Força, Cristalografia, etc.
IQmol
IQmol é um visualizador de moléculas de código aberto gratuito, bem como software editor de moléculas para Windows. Ele fornece um bom número de ferramentas para visualizar as estruturas das moléculas e estudar as propriedades das moléculas.
Para visualizar moléculas, você pode abrir um arquivo de molécula como PDB, MOL, CUBE, etc. Os formatos exatos de importação suportados não são claros, pois não os mencionam. Ao abrir um arquivo de molécula, a respectiva visualização do modelo pode ser vista no painel esquerdo. Inclui átomos, ligações (comprimento da ligação), geometrias, etc. Você também pode adicionar e configurar a superfície especificando tipo (Van Der Waals, Promolécula, SID), Isovalor, cor, opacidade, qualidade, etc. To visualizar moléculas, permite configurar propriedades de exibição como mostrar eixos, configurações de câmera (projeção, rotação, posições, etc.), aparência (shader, POV-Ray) , rótulos atômicos (elemento, índice, massa, RMN, carga parcial, densidade de rotação), etc. Ele também permite visualizar e analisar moléculas no modo de tela inteira. Você pode girar a estrutura, aumentar/diminuir o zoom, girá-la, etc. Finalmente, você pode salvar a estrutura da molécula exibida como PNG, imagem BMP, etc. Ele fornece uma opção para gravar animação que basicamente salva cada quadro de animação como Imagem BMP.
Como também é um editor de moléculas, você pode construir ou editar moléculas. No menu Construir, você pode encontrar opções como Inserir Moléculas por ID, Preencher Valências com Hidrogênios, Definir Isótopos, Definir Restrições Geométricas, Minimizar Estrutura, Selecionar Campo de Força, Symmeterizar Molécula, Definir Tolerância de Simetria, etc. Depois de criar ou editar moléculas, você pode salvá-las em um arquivo. Os formatos de arquivo para salvar moléculas incluem XYZ, PDB, CML, MOL, GZMAT, etc. Também oferece uma opção de cálculos Q-Chem.
Em suma, é um ótimo software de visualização de moléculas que possui uma interface de usuário limpa e intuitiva. Ele fornece uma seção de histórico dedicada também para visualizar todas as ações realizadas.
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Molécula
Molekel é um bom visualizador de moléculas em 3D com uma GUI limpa. Nele, você pode abrir arquivos de moléculas e depois visualizar e sestudar moléculas personalizando várias opções de exibição. Para inserir um arquivo de molécula, ele suporta uma ampla gama de formatos que incluem PDB, XYZ, YOB, ALC, SDF, SMI, RXN, PCM, PQS, MOL, MOL2, TMOL e alguns mais. Assim que você importar um arquivo molecular, poderá visualizar sua representação visual e propriedades na interface principal. As propriedades incluem estatísticas relacionadas a átomos, ligações, energia, resíduos, conformadores, massa molar, massa exata, multiplicidade de spin, carga, frequências de vibração, etc. Chegando à visualização de moléculas, aqui estão os recursos fornecidos por este freeware:
- Configurações de exibição de moléculas como forma de molécula (CPK, bastão, bola e bastão, wireframe, etc.), forma de átomo (hemisfério, esfera, outdoor, etc.) , forma de ligação, resíduo, detalhe do átomo, cor do átomo, escala, etc., podem ser configurados.
- Além disso, ele permite que você personalize as propriedades de plano de fundo e visualização 3D e ative/desative sonda de plano, barra escalar MEP, caixas delimitadoras, eixos,etc., veja as opções.
- Você pode girar, girar ou aumentar/diminuir o zoom da estrutura molecular usando o mouse.
- Fornece diferentes modos de interação para aprimorar a experiência de visualização, incluindo Câmera, Molécula e Pick Atom/Bond.
- Permite visualizar a superfície gerada com densidade de elétrons, linhas de grade, superfície acessível por solvente e superfície excluída por solvente. A superfície acessível por solvente e a superfície excluída por solvente são calculadas primeiro conforme você especifica os parâmetros relacionados.
- Permite abrir diferentes arquivos de moléculas e visualizá-los todos de uma vez. Dessa forma, você pode mesclar e salvar o arquivo da molécula em qualquer um dos formatos suportados.
- Você pode salvar a visualização molecular como um arquivo de imagem (PNG, TIFF), PostScript, EPS ou PDF.
- Algumas ferramentas de análise adicionais estão disponíveis nele, incluindo Plane Probe, Radiation Spectrum, etc.
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Avogrado
Avogadro é um visualizador de moléculas gratuito, de código aberto e multiplataforma nesta lista. É também um software criador e editor de moléculas. Para visualizar moléculas, você pode importar um arquivo em formatos como PDB, CML, CIF, FCHK, GAMOUT, MOL, MOL2, SDF, DMOL, etc. As moléculas podem ser visualizadas em Perspectiva ou Projeção ortogonal. As opções básicas de visualização como girar, zoomentrada/saída, seleção, etc., estão disponíveis nele. Além disso, você obtém uma ferramenta de rotação automática, ferramenta de otimização automática , exibição separada, modo de tela inteira e a opção alinhar moléculas. Ele fornece um recurso de seleção avançado que permite selecionar por elemento, resíduo, padrão SMARTS, solvente, etc. A representação da molécula pode ser exportada como imagem PNG, BMP ou JPEG. Você também pode exportar gráficos vetoriais (PDF, SVG, EPS), POV-Ray e modelo VRML.
Você pode construir moléculas nele usando ferramentas como Adicionar Hidrogênios, Inserir Fragmento, DNA/RNA, SMILES e Peptídeo, Super Cell Builder, Nanotube Builder, Alterar H para Metil, Cartesiano Editor, etc. Muitas ferramentas avançadas como Animar Trajetória, Otimizar Geometria, Calcular Energia, Configurar Campo de Força, Cristalografia, etc., também estão disponíveis. Ele contém vaVários plug-ins que ajudam você a analisar estruturas de moléculas como interagir com moléculas, criar caixas de diálogo de arquivo de entrada para códigos quânticos, gerar caixas de diálogo de propriedade de moléculas, criar superfícies, etc.
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Molegro Molecular Viewer
Molegro Molecular Viewer é mais um software de visualização de moléculas que vem com uma interface bem projetada. Você pode importar moléculas diretamente de MOL, MOL2, PDB, SDF, SD, MDL, MVDML earquivos de moléculas ENT. À medida que você faz isso, diferentes aspectos do arquivo importado são listados no painel esquerdo, como ligantes, proteínas, água, cavidades, cofatores, etc., com as respectivas propriedades. Uma representação visual também é exibida na interface. A visualização pode ser definida como visualização de encaixe, interação de ligação de hidrogênio, visualização de preparação, hidrofobicidade, interação eletrostática, visualização de organizador de pose ou visualização de estrutura secundária. Você também pode ocultar resíduos e névoa. Ele permite configurar opções de renderização para definir opções de exibição para proteína, ligante, pose, cofator e água, como representação geométrica (estrutura de arame, bola e bastão, bastão, preenchimento de espaço), cor, etc. Você pode capturar a estrutura da molécula e salvar como imagem PNG, JPEG ou BMP.
Ferramentas adicionais deste visualizador de moléculas 3D incluem Pose Organizer, Create Labels, Create Surfaces, RMSD Matrix, Sequence Viewer, Biomolecule Generator, Ligand Energy Inspector, Structure Protein Alignment, Ligand Map, Energy Map, etc.
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Jmol
Jmol é o próximo visualizador de moléculas 3D de código aberto gratuito para Windows. Também é portátil, então você pode executá-lo sem instalação. Para visualizar a estrutura da molécula, você pode abrir arquivos de moléculas PDB, MOL, etc. Você pode personalizar várias configurações de exibição, como tamanho do átomo, raio de ligação, mostrar medições, exibir rótulos, mostrar eixos, etc.analisar adequadamente a estrutura molecular, usar opções como girar, zoom, etc. Ele fornece algumas ferramentas úteis, como Medições, Animar, Ferramenta de Superfície, AtomSetChooser, etc.
Ele fornece várias opções de exportação para renderizar a cena molecular atual. Isso inclui Exportar imagem, Exportar para página da Web, Renderizar em POV-Ray, etc.
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Bioclipse
Bioclipse é um visualizador de moléculas portátil gratuito e para Windows. Nele, você pode navegar por vários arquivos moleculares e visualizar as respectivas estruturas moleculares em 3D. Ele fornece um bom Bioclipse navigator para navegar facilmente pelos arquivos adicionados. Diferentes estruturas de moléculas podem ser visualizadas devido à sua interface com várias guias. Um esboço do arquivo de molécula contendo átomos é exibido no painel direito. Você também pode selecionar um átomo, ligação ou molécula da estrutura e visualizar suas respectivas propriedades como número atômico, número de massa, símbolo, ordem de ligação, etc. Uma estrutura 2D do arquivo de molécula aberta também é exibida na interface.
Agora, falando sobre suas opções de exibição e navegação, você obtém todas as ferramentas de visualização padrão nele. Estes incluem rgirar, ampliar, mover, girar, etc. Além disso, você pode personalizar o estilo de renderização (átomos, rótulo, esquema, ligação, etc.), cores, medidas, etc. A estrutura da molécula personalizada pode ser exportado como arquivos JPG, PNG, POV-RAY, VRML 3D Model, X3D 3D Model, Maya 3D Model, etc.
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RasMol
RasMol é um visualizador de moléculas de código aberto gratuito para Windows. Ele permite visualizar moléculas em diferentes modos de exibição, incluindo Wireframe, Backbone, Sticks, Spacefill, Balls & Stick, Ribbons, Strands, Cartoons e Molecular Surface. Você pode alterar a cor das moléculas para monocromático, estrutura, cadeia, grupo, modelo, usuário, temperatura, etc. Para visualizar moléculas, você também pode usar opções, incluindo Modo laje, hidrogênio, hetero Atoms, Specular, Shadow, Stereo, e Rótulos. Você também pode girar a ligação da molécula.
Para visualização de moléculas, ele suporta arquivos, incluindo Protein Databank, Alchemy File Format, Sybyl MOL2 Format, MDL Mol File Format, CIF Formato de arquivo, formato de arquivo MOPAC, etc. Depois de abrir um arquivo, você também pode visualizar informações relacionadas que incluem nome da molécula, classificação, nome do banco de dados e número de cadeias, grupos, átomos e ligações. Você também obtém um menu Exportar dedicado para exportar a exibição molecular para diferentes arquivos, como BMP, GIF, IRIS RGB, PPM, Sun Raster, Post Script, POVRay, VRML, Raster3D , etc.
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QuteMol
QuteMol é o próximo visualizador de moléculas 3D gratuito para Windows. Para visualização de moléculas, ele suporta arquivos moleculares no Protein Data Bank File (PDB, VDB) somente formato. Uma predefinição de exibição pode ser escolhida para visualizar moléculas como Realista, Apenas luz direta, Ilustrativa, Legal, Simulada, etc. Você também pode personalizar a exibição de acordo com sua preferência. As moléculas podem ser visualizadas personalizando a geometria. Você pode selecionar a opção de exibição Space Fill, Licorice (com espessura) ou Balls’n’Stick e também alterar a cor do material. Também permite configurar várias outras preferências para visualizar moléculas. Isso inclui a personalização da cor de base, plano de fundo, luz pontual, indicação de profundidade, halos, luz ambiente, bordas, etc. Se desejar, você pode salvar a exibição atual de moléculas como uma imagem, incluindo JPG e PNG. Além disso, também é possível criar uma animação GIF de moléculas.
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PubChem
PubChem é outro software simples de visualização de moléculas para Windows. Ele permite que você navegue pelos arquivos de moléculas e visualize a estrutura da molécula em 3D. Para importar um arquivo de molécula, além de seus formatos nativos, ele suporta arquivos SD (SDF), arquivos moleculares compactados (GZIP) e arquivos de modelo molecular (XYZ). Conforme você abre um arquivo, ele exibe moléculas em estruturas lado a lado e sobrepostas. Assim, você pode visualizar a estrutura de uma única molécula ou várias moléculas em blocos. Para visualizar a molécula, você pode usar opções como girar, dimensionar, ampliar, alinhar, etc. Além disso, você pode personalizar as opções de exibição como átomos, ligações, moléculas, caixa, símbolo, etc. Você pode salvar a estrutura molecular de sobreposição como imagens PNG e JPEG.
Usando o botão Preferências, você pode configurar opções como qualidade de imagem, modelo de luz,cor de fundo, ângulo de visão, estratégia de escala, projeção ortogonal, escala de átomo, coloração de átomo, informação de átomo, coloração de ligação, informação de ligação, largura de ligação, etc.
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VMD
VMD é outro visualizador de moléculas 3D para Windows. Ele fornece janelas separadas para importar e gerenciar arquivos de moléculas e para visualização de moléculas. Ele suporta vários formatos de arquivo para importar moléculas, como PDB, OFF, MOL, PLY, PQR, GRASP, Tinker, etc. Usando sua opção Arquivo > Nova Molécula, você pode navegar por um arquivo em um f suportadoormat. Ao fazer isso, ele exibe as informações do arquivo e a visualização da molécula em 3D em janelas dedicadas. Você pode abrir vários arquivos de moléculas e alternar entre cada um deles para visualizar as respectivas moléculas.
Como outro software de visualização molecular, ele também permite que você personalize a visualização molecular configurando representação, cor, materiais e rótulos. Para uma melhor experiência de visualização de moléculas, você pode usar opções como rotação automática, perspectiva ou visão ortogonal, indicador de FPS, alterar plano de fundo, estéreo, palco, modo de renderização, etc. Além disso, você pode configurar o mouse em rotação , traduzir ou modo de escala, adicionar rótulos de átomo, ligação, ângulo ou diedro, adicionar ou remover ligações, etc. Para salvar a cena molecular atual como uma imagem, use a opção Arquivo > Renderizar e insira a imagem manualmente extensão de formato. Você também pode usar outras técnicas para renderizar e salvar a exibição molecular atual, como STL, Raster3D, POV-Ray, VRML, Wavefront, etc.
VMD também forneceHá algumas extensões para diferentes funções, como Análise, Modelagem, Simulação, Tk Console, etc. Para visualização molecular, oferece extensões como Camera Navigator, Movie Maker, ViewMaster, Palette Tool, Virtual DNA Visualizador, etc.
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BALLView
BALLView é mais um software de visualização de moléculas para Windows. Os arquivos moleculares suportados neste software incluem PDB, HIN, BRK, ENT, MOL, MOL2, SDF, AC e XYZ. Aqui estão alguns de seus recursos que garantem uma boa experiência de visualização molecular:
- Você pode cuidarPersonalize a visualização de acordo com sua preferência, como cores, modo de desenho (estrutura de arame, pontos, sólido, toon), configurações de material, modelo de exibição (bola e bastão, bastão, espinha dorsal, fita, forças, etc.), etc. Além disso, você pode configurar as configurações da câmera, criar plano de recorte, rótulos, etc., ativar o modo de rotação/escolha/mover, etc.
- Algumas ferramentas de mecânica molecular como Cálculo de ponto único, Minimização de energia e Dinâmica molecular também estão disponíveis neste software.
- Permite exportar a estrutura molecular exibida como imagem PNG, cena POV-Ray ou arquivo de dados de prototipagem 3D.
Além da visualização molecular, ele permite que você crie moléculas usando ferramentas como Construir Peptídeos, Construir Ligações, Adicionar Hidrogênio, Atribuir Ordens de Ligação, etc. Ele também suporta o carregamento de scripts Python e plug-ins extras e permite que você calcule a estrutura secundária, ligações H e eletrostática FDPB.
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UGENE
UGENE é um software de bioinformática de código aberto gratuito que pode ser usado como um visualizador de moléculas para Windows. Ele oferece suporte a vários formatos de arquivo para importar e analisar sequências de ácidos nucleicos e proteínas.
Para visualizar moléculas, você pode abrir um arquivo PDB, MMDB, etc., e visualizar sua estrutura 3D em uma seção dedicada. Você pode personalizar várias configurações de exibição que incluem estilo de renderização, esquemas de cores, estilo de renderização de superfície molecular, definir cor de fundo, etc. Você também pode girar as moléculas, alinhar a estrutura, e posteriormente exportar a estrutura molecular como um arquivo (PNG, JPEG, BMP, SVG, TIFF, PDF, eetc.).
Para saber mais sobre seus principais recursos, verifique este link.
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COSMOview
COSMOview é outro software que permite abrir arquivos de moléculas e visualizar moléculas em 3D. Para abrir um arquivo, ele suporta os formatos PDB, CCF, Energy, XYZ, WRL, SDF, etc. É um visualizador de moléculas bastante básico em comparação com outros softwares nesta lista. Ele fornece opções básicas de visualização que incluem tamanho da janela, suavidade do disco, cor de fundo, propriedades do átomo, opções de ligação e propriedade do rótulorties. Você pode girar ou ampliar/diminuir a visualização da molécula usando o mouse. Se desejar, você pode salvar a exibição molecular como uma imagem PNG.
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Zeus PDB Viewer
Zeus PDB Viewer, como o nome sugere, é um visualizador de arquivos moleculares PDB para Windows. Além do arquivo PDB, ele suporta arquivos MOL, MOL2, XYZ, etc. Junto com a representação da estrutura da molécula, também exibe uma lista de resíduos. Você também pode visualizar detalhes de átomos, ligações, estrutura e arquivo. Você pode alterar a geometria das moléculas para wireframe, ball & stick, bolas e fios, tubos triangulares, tubos quadrados, ou preenchimento de espaço. Você também pode ativar o recurso de rotação automática. Ele fornece algumas ferramentas úteis, incluindo Compute H-Bonds, Bond Non-Bonded Atoms, Show Model Sequence, Find Sequence, etc. Você pode exportar a estrutura molecular como uma imagem BMP.