Aqui está uma lista dos melhores serviços on-line gratuitos para criação de árvores filogenéticas. Uma árvore filogenética é um tipo de árvore que destaca as relações evolutivas entre várias espécies. Também destaca a divergência de uma espécie de outra espécie. Se você deseja criar árvores filogenéticas usando vários dados de genoma e sequência de dados de genes, pode usar esses serviços on-line de criação de árvores filogenéticas. Todos esses serviços são gratuitos e podem ser acessados de qualquer lugar.
Nesses serviços, os usuários podem inserir dados do genoma da espécie na forma de formatos de arquivo Newick, Nexus, FASTA, EMBL, etc. Os usuários também podem colar os dados do genoma da espécie diretamente nesses serviços para gerar uma árvore filogenética. Na árvore gerada, os usuários podem ver bordas, nós, nomes de espécies, etc. Alguns serviços também usam códigos de cores para diferenciar entre vários elementos de uma árvore. Através de alguns serviços, os usuários podemTambém gera vários tipos de árvores, como Circular, Retangular, Sem raiz, etc. Além disso, os usuários também obtêm ferramentas para visualizar, analisar e anotar uma árvore filogenética. O processo para gerar uma árvore filogenética também é bastante simples em todos esses serviços.
Depois de visualizar e analisar uma árvore filogenética, os usuários podem salvá-la ou exportá-la em formatos de arquivo PDF, SVG, EPS, TXT, etc. Percorra a lista para saber mais sobre esses serviços.
Meu serviço favorito de criação de árvores filogenéticas:
phyloT é meu serviço favorito porque pode gerar uma árvore filogenética usando vários tipos de dados de genoma e arquivos de dados de genoma. Além disso, também permite que os usuários façam anotações na árvore filogenética gerada.
phyloT
phyloT é um serviço on-line gratuito de criação de árvores filogenéticas. Este serviço é baseado na taxonomia NCBI ou no banco de dados de taxonomia do genoma. Usando este serviço, os usuários podem facilmente gerar e analisar árvores filogenéticas usando dados de taxonomia presentes em arquivos Newick, Nexus, ou phyloXML. Antes de gerar uma árvore filogenética, os usuários também podem especificar Tipo de identificador de nó (Nomes científicos, IDS de taxonomia NCBI, etc.), Nós internos (recolhidos ou expandidos), Interrompa em (espécie, classe, ordem, sem interrupção, etc.) e muito mais. Depois de especificar todos os parâmetros, os usuários podem gerar uma árvore filogenética. Agora, confira as principais características deste serviço online.
Principais características:
- Modos de Árvore: Este serviço online pode gerar três tipos de árvores filogenéticas: Circular, Retangular, e Sem raiz.
- Anotações manuais: um bom conjunto de ferramentas de anotação para anotar manualmente a árvore eeditar as informações existentes também estão presentes nele.
- Ferramentas de ajuste de árvore: depois de gerar uma árvore filogenética, o usuário pode aumentá-la, girar a árvore, alterar o rótulo, alterar o estilo da fonte do nome da espécie, ajustar intervalos coloridos, e muito mais.
- Ferramentas avançadas: usando-o, os usuários podem ativar ou desativar exibição de metadados de ramificação, opções de nó e ponto médio da árvore raiz.
- Exportar: Use-o para exportar a árvore filogenética gerada SVG, EPS, PDF, PNG, e Texto (Árvore Newick, arquivo PhyloXML , etc.) formatos de arquivo.
Pensamento final:
É um serviço on-line de criação de árvores filogenéticas rico em recursos, por meio do qual os usuários podem facilmente gerar, analisar e anotar árvores filogenéticas.
filogenia
filogenia é outro serviço on-line gratuito de criação de árvores filogenéticas. Por meio desse serviço online, os usuários podem gerar uma renderização detalhada da árvore filogenética. Para gerar uma árvore filogenética, os usuários precisam inserir conjunto de dados de sequência na forma de formatos de arquivo FASTA, EMBL, ou NEXUS. Os usuários também podem inserir ou colar um conjunto formatado de dados de sequência no campo de dados desse serviço. Após inserir os dados ou arquivo, o usuário precisa clicar no botão Enviar para gerar e visualizar uma árvore filogenética. Agora, confira as principais características deste serviço online.
Principais características:
- Visão geral: Mostra um diagrama destacando o processo para gerar uma árvore filogenética. O processo contém Entrada do usuário, Alinhamento, Curadoria, Filogeniae Renderização de árvore.
- Alinhamento: usa a pontuação BLOSUM62 para destacar a sequência de dados em várias cores.
- Curação: mostra vários resultados de curadoria, como número de sequências, alinhamento presumido, novo número de posições, blocos de alinhamento, posições de flanco e mais. li>
- Filogenia: Mostra o diagrama da árvore filogenética sem a renderização.
- Tree Rendering: mostra um diagrama de árvore filogenética renderizado com bordas e nós de sequência.
- Ações: este serviço também permite que os usuários façam várias alterações em uma árvore filogenética renderizada usando ações como enraizamento de ponto médio, recolher ramificações, trocar, inverter e muito mais.
- Estilo de árvore: depois de renderizar um t filogenéticoree, os usuários podem alterar seu estilo, como Filograma, Cladograma, Radial, e Circular.
- Baixe a árvore: use-a para baixar a árvore filogenética final em arquivo PNG, PDF, SVG, TGF, Newick, e TXT formatos.
Considerações finais:
É outro bom serviço on-line de criação de árvores filogenéticas, por meio do qual os usuários podem gerar árvores filogenéticas detalhadas e renderizadas de vários tipos.
ETEToolkit
Principais características:
- Visualizar árvore: após inserir os dados da sequência ou arquivo para este serviço, pressione o botão Visualizar árvore para iniciar a geração da árvore filogenética.
- Árvore codificada por cores: a árvore filogenética gerada por este serviço destaca diferentes nós e elementos da árvore em cores únicas.
- Tipo de imagem de alinhamento: usando-o, os usuários podem gerar árvores filogenéticas em formato de blocos alinhados, formato condensado, e sem formato de alinhamento.
- Compartilhar: Este serviço gera um link permanentede uma árvore filogenética que os usuários podem compartilhar com outras pessoas.
Recursos adicionais:
- Este serviço também oferece algumas ferramentas adicionais, como Índice de Ferramentas Filogenéticas, Livro de Receitas de Ferramentas Filogenéticas, referência da API Python, etc.
Considerações finais:
É outro bom serviço on-line de criação de árvores filogenéticas, por meio do qual os usuários podem criar e analisar rapidamente árvores filogenéticas usando dados no formato Newick e Fasta.
Creately.com
Creately.com é outro phyloge online gratuitoserviço de fabricante de árvores netic. É um serviço padrão de criação de gráficos e diagramas que também pode ser usado para criar árvores filogenéticas simples. Ao contrário da maioria dos outros serviços semelhantes, ele não pode criar uma árvore filogenética usando um genoma e uma sequência de dados. Para gerar uma árvore filogenética por meio deste serviço, os usuários precisam usar manualmente os elementos padrão do diagrama, como formas, linhas de conexão, blocos de gráficos, etc., para criar uma árvore filogenética. Agora, confira os principais recursos deste serviço online.
Principais características:
- Formas: Esta seção contém todas as formas e elementos de conexão para fazer uma árvore filogenética ou qualquer outro tipo de árvore com facilidade. Alguns dos elementos de forma que ele oferece são retângulo arredondado, círculo, triângulo, triângulo retângulo, octógono, cone, cubo, linha e muito mais. Além das formas, também oferece ferramentas de texto para dar nomes aos nós e arestas de uma árvore filogenética.
- Modelos: este serviçoce vem com modelos para vários tipos de diagramas, como Diagrama de rede, Diagrama GCP, Gráfico de Gantt, Mapa conceitual, etc. Os usuários também podem usar e modificar os modelos disponíveis para transformá-los em uma árvore filogenética.
- Exportar: Use-o para exportar a árvore final nos formatos de arquivo PNG, SVG, JPEG, e PDF.
Limitação:
- A versão gratuita deste serviço online oferece formas básicas, documentos limitados e ferramentas de colaboração limitadas. Além disso, não é um criador de árvores filogenéticas nativas.
Considerações finais:
É um serviço de criação de árvores filogenéticas on-line decente através do qual os usuários podem criar árvores filogenéticas e vários tipos de diagramas.