Aqui está uma lista dos melhores sites de Visualizador de Estrutura de Proteína 3D online grátis. Qualquer visualizador de estrutura molecular online pode ser usado para visualizar a estrutura 3D da proteína. Um visualizador de moléculas on-line usa um arquivo de dados de moléculas como entrada e, em seguida, renderiza a estrutura com base nos dados. O mesmo pode ser feito para vários tipos de arquivo, incluindo PDB, mmCIF, MRC, BRIX, CUB e muito mais.
Este post cobre 6 visualizadores de estrutura de moléculas on-line gratuitos que você pode usar para visualizar a estrutura de proteína em 3D. Todos esses visualizadores suportam vários arquivos de dados de moléculas e renderizam as respectivas estruturas em 3D. As estruturas são interativas, onde você pode girar, aplicar zoom, panorâmica e recortar da maneira que desejar. Esses visualizadores também incluem recursos que permitem analisar a estrutura de perto. Isso inclui opções de exibição de moléculas e opções de cores e outras personalizações baseadas no usuário. Recomendei que você examinasse a lista para verificá-los com mais detalhes.
Minha estrutura de proteína 3D favorita Vijarra
Mol* Viewer é o meu visualizador de estrutura de proteína 3D favorito nesta lista. Este visualizador contém uma ampla variedade de opções que vão desde a aparência da molécula, personalização, medição, análise e exportação.
Molstar.org (Mol* Viewer)
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Mol* Viewer é um dos melhores visualizadores online gratuitos de estruturas moleculares. É um moderno kit de ferramentas de código aberto baseado na web para a visualização e análise de dados moleculares em larga escala. Você pode carregar qualquer arquivo de estrutura de molécula e interagir com ele. Na verdade, você pode abrir vários arquivos no mesmo plano e visualizá-los todos juntos. O visualizador é totalmente interativo, onde você pode girar, deslocar, aplicar zoom e recortar a estrutura. Você também pode animar a estrutura com 7 opções de animação. Este visualizador mostra uma visualização em árvore dos componentes da estrutura. Isso permite que você navegue facilmente pela estruturae analisar diferentes seções. Você tem a opção de personalizar a visualização de cada componente, onde pode personalizar os estilos e atualizar o modelo. Você também pode ocultar/exibir componentes à vontade.
Existem seções dedicadas a componentes e medições. Ambas as seções listam o respectivo inteiro com opções para atualizar componentes e adicionar novas medições. Por último, mas não menos importante, inclui várias opções de exportação. Você pode exportar os modelos e a geometria da estrutura para os formatos de arquivo correspondentes. E se você optar por animar a estrutura, também poderá exportar essa animação como um arquivo de vídeo MP4.
Como abrir a estrutura da proteína 3D no Mol* Viewer?
- Abra o Mol* Viewer usando o link abaixo.
- Clique e expanda a seção Página inicial no canto superior esquerdo da tela.
- Clique na opção Abrir arquivos e escolha Selecionar arquivos…
- Selecione o arquivo de estrutura da molécula que deseja abrir e clique no botão
Aplicar. - Isso abre o arquivo no visualizador onde você pode interagir com a estrutura 3D.
Destaques:
- Visualizador interativo: permite girar, deslocar, aplicar zoom, focar zoom e recortar a estrutura 3D.
- Exibição em árvore: organiza vários tipos de componentes em uma exibição em árvore.
- Registro de atividades: registra todas as interações com a estrutura com carimbos de data/hora.
- Personalizar visualização: oferece vários estilos visuais com opções para atualizar o modelo molecular e aplicar diferentes ações, como representação 3D, caixa delimitadora, conformação de transformação etc.
- Instantâneo: opção de captura de tela com 1 clique do estado atual da estrutura.
- Modos de câmera: alterne entre visualização em perspectiva e visualização ortogonal.
- Componentes: visualize/adicione os vários tipos de componentes na estrutura.
- Medirementos: visualize/adicione parâmetros de medição de vários componentes na estrutura.
- Opções de animação: Trajetória animada, giro da câmera, movimento da câmera, instantâneos de estado, montagem desenrolada e estrutura giratória.
- Opções de exportação: Exportar modelos (mmCIF), Exportar geometria (glb, stl, obj, usdz) e Exportar animação (MP4).
RCSB.com (Visualização 3D)
Visualização 3D do RCSB é um visualizador de moléculas gratuito que você pode usar para visualizar estruturas de proteínas em 3D. thiO visualizador de moléculas é muito semelhante ao Mol* Viewer coberto. Ele faz quase todas as coisas que você pode fazer com esse visualizador. Ele pode abrir vários arquivos de moléculas juntos e permite que você interaja com a estrutura. Você obtém todas as opções para personalizar a aparência, visualizar dimensões e componentes da estrutura. Ele também imita as mesmas opções de exportação. A única diferença é que não cria uma visualização em árvore da estrutura.
Como abrir a estrutura da proteína 3D na visualização 3D do RCSB?
- Vá para a Visualização 3D do RCSB usando o link abaixo.
- Clique e expanda a seção Importar no canto superior esquerdo da tela.
- Clique na opção Abrir arquivos e escolha Selecionar arquivos…
- Selecione o arquivo de estrutura da molécula que deseja abrir e clique no botão Aplicar para visualizar a estrutura 3D.
Destaques:
- Visualizador interativo: permite girar, panorâmica, zoom, foco Zoom e recorte a estrutura 3D.
- Registro de atividades: registra todas as interações com a estrutura com carimbos de data/hora.
- Personalizar visualização: oferece vários estilos visuais com opções para atualizar o modelo molecular e aplicar diferentes ações, como representação 3D, caixa delimitadora, conformação de transformação etc.
- Instantâneo: opção de captura de tela com 1 clique do estado atual da estrutura.
- Modos de câmera: alterne entre visualização em perspectiva e visualização ortogonal.
- Componentes: visualize/adicione os vários tipos de componentes na estrutura.
- Medições: visualize/adicione parâmetros de medição de vários componentes na estrutura.
- Opções de animação: Trajetória animada, giro da câmera, movimento da câmera, instantâneos de estado, montagem desenrolada e estrutura giratória.
- Opções de exportação: Exportar modelos (mmCIF), Exportar geometria(glb, stl, obj, usdz) e Animação de exportação (MP4).
Visualizador de estrutura iCn3D
iCn3D Structure Viewer é outro visualizador repleto de recursos para abrir e analisar estruturas moleculares 3D online. Este visualizador inclui uma ampla coleção de recursos, mantendo a interface do usuário simples e organizada. A coleção consiste em vários recursos de análise, incluindo sequenciamento, anotações, interações, distância, ligação química, simetria e muito mais. Além disso, também oferece opções de estilo e coloração to personalize a aparência de acordo com sua preferência. Este é um bom visualizador de moléculas em 3D não apenas para visualização, mas também para análise de estruturas de moléculas.
Como abrir a estrutura da proteína 3D no iCn3D Structure Viewer?
- Vá para o iCn3D Structure Viewer usando o link abaixo.
- Clique na opção Arquivo na faixa superior e selecione a opção Abrir arquivos.
- Em seguida, carregue o arquivo que deseja abrir e clique no botão Anexar para visualizar o arquivo.
Destaques:
- Visualizador interativo: permite girar, deslocar, ampliar e focalizar a estrutura 3D.
- Opções de aparência da molécula: uma ampla gama de opções para alterar o estilo e a cor de vários componentes.
- Análise: Oferece várias opções de análise para analisar vários aspectos da estrutura.
- Instantâneo: opção de captura de tela com 1 clique do estado atual da estrutura.
- Opções de exportação: estrutura da molécula de exportação (png, pdb, etc).
Visualizador Jena 3D
Jena 3D Viewer é um visualizador de moléculas 3D online. Você pode usar este visualizador para abrir estruturas de proteínas em 3D. O visualizador contém recursos úteis para analisar as estruturas das moléculas. Ele pode abrir um arquivo local ou buscar na web por meio de um URL. Ele renderiza a estrutura 3D no lado esquerdo da tela. Você pode redimensionar a janela de renderização e interagir com a estrutura 3D. Sobredo lado direito, você obtém todas as opções de personalização. Isso inclui seleção de átomo, renderização, coloração, estéreo e outras opções. Você pode configurar facilmente essas opções para renderizar a estrutura da maneira que desejar. Além disso, esse visualizador também pode usar comandos para executar ações específicas. Por exemplo, você pode selecionar ou mostrar/ocultar componentes executando um comando.
Como abrir a estrutura da proteína 3D no Jena 3D Viewer?
- Abra o Jena 3D Viewer usando o link fornecido abaixo.
- Clique e expanda a opção Escolher arquivo e carregue seu arquivo de molécula. Ou insira um URL abaixo para importar da nuvem.
- Em seguida, selecione o tipo de visualizador e clique no botão ir para abrir o arquivo.
Destaques:
- Visualizador interativo: permite girar, deslocar, aplicar zoom, focar zoom e recortar a estrutura 3D.
- Registro de atividades: registra todas as interações com a estrutura com carimbos de data/hora.
- Personalizar visualização: renderização, coloração de moléculas, coloração de fundo e outras opções.
- Instantâneo: opção de captura de tela com 1 clique do estado atual da estrutura.
- Suporte a script: use comandos para executar ações específicas, como selecionar uma corrente, resíduo, etc.
Molsoft.com (PDBV)
Molsoft tem um Visualizador PDB rápido interativo. Você pode usar este visualizador para abrir estruturas de proteínas em 3D e interagir com elas. Esta é uma visualização simples onde você pode fazer upload de um arquivo localmentesalve o arquivo da molécula ou busque-o na sua conta do Google Drive. Quando você carrega o arquivo, ele renderiza a estrutura 3D na tela onde você pode interagir com a estrutura. Existem algumas opções de aparência de moléculas que você personaliza conforme sua preferência. No geral, é uma ferramenta decente para visualizar rapidamente os arquivos de moléculas online.
Como abrir a estrutura da proteína 3D no PDB Viewer?
- Vá para o PDB Viewer usando o link abaixo.
- Clique no menu de hambúrguer no canto superior direito do visualizador.
- Vá para a seção Abrir e o arquivo que deseja visualizar.
Destaques:
- Visualizador interativo: permite girar, deslocar, ampliar e focalizar a estrutura 3D.
- Opções de aparência da molécula: várias opções de aparência para alterar estilos de exibição, rótulos, medidas, etc.
- Opções de personalização: permite colorir a estrutura por tipo de átomo, cadeia, NtoC, estrutura secundáriaura, Fator B, Alinhamento, etc.
- Instantâneo: opção de captura de tela com 1 clique do estado atual da estrutura.
- Opções de exportação: Exportar a estrutura da molécula (formato pdb).
RollMyFile.com
RollMyFile.com é um site gratuito onde você pode carregar e abrir vários tipos de formatos de arquivo online. Ele também suporta diferentes tipos de arquivos de moléculas. Quando você abre um arquivo de estrutura de molécula, ele renderiza essa estrutura em 3D. A estrutura renderizada é interativa. O visualizador é bastante simples e vem com várias opções de exibição. Essas opções de exibição permitem alterar a aparência da estrutura da molécula. Ao contrário de outrosvisualizadores, este também permite editar o arquivo strcure. Você pode simplesmente escolher um elemento e desenhar sua molécula em qualquer lugar da estrutura.
Como abrir a estrutura da proteína 3D em RollMyFile.com?
- Vá para o site RollMyFile usando o link mencionado abaixo.
- Carregue seu arquivo de molécula e aguarde o upload.
- Depois de concluído, clique no botão Abrir agora! para visualizar o arquivo.
Destaques:
- Visualizador interativo: permite girar, deslocar, ampliar e focalizar a estrutura 3D.
- Opções de aparência de moléculas: Crystal Lattice, Ball and Stick, Licorice, Van der Waals, Wireframe, Force, Meshes e Reference Axes Overlay.
- Editar estrutura: simplesmente desenhe moléculas de vários elementos com as configurações de ligação desejadas.
- Instantâneo: grave um vídeo de uma manobra personalizada da estrutura.