Aqui está uma lista dos Melhores Softwares Gratuitos de Modelagem Molecular para Windows. Esses softwares permitem desenhar as estruturas moleculares de diferentes compostos químicos. Basta selecionar um elemento da tabela periódica e colocá-lo no espaço de trabalho fornecido. Você pode adicionar átomos de hidrogênio ao seu modelo com apenas um clique ou um a um manualmente. Você também pode alterar a ordem das ligações atômicas como simples, dupla, tripla, híbrida etc.
Nesses softwares de modelagem molecular, você encontrará diferentes estilos para representar uma estrutura química. Esses estilos incluem bola e bastão, wireframe, wireframe CPK, CPK, bastão, constelações, tubos, CPK Spacefill, BallCylinder Low, BallCylinder Medium, etc. Em um modelo molecular, você também pode alterar a cor e o raio dos átomos. Além disso, você também pode adicionar um rótulo ao modelo molecular.
Por conveniência, alguns grupos e estruturas químicas também são fornecidos. Álcoois, aldeídos, alcanoses, alcenos, alcinos, amidas, aminoácidos, carboidratos, ácidos carboxílicos, éteres, sulfóxidos, etc. são algumas dessas estruturas químicas. Você pode usá-los diretamente em seus modelos moleculares. Além disso, estruturas de DNA e RNA também estão disponíveis em alguns softwares de modelagem molecular.
Na maioria desses softwares, você poderá realizar Cálculos Gaussianos, Cálculos de Energia, Otimizar a Geometria de um modelo químico, Cálculos de Espectro Eletrônico, Cálculos de Dock Base, etc.
Você também encontrará um software que exibe a temperatura, pressão, momento dipolar, momento quadrupolo, energia, energia intermolecular, gradiente, etc. de uma molécula.
Depois de criar uma estrutura química, você pode salvá-la em diferentes formatos, como PDF, SVG, BMP, JPG, PNG, POV-Ray, etc.
Meu software de modelagem molecular favorito:
Avogadro é meu software de modelagem molecular favorito. foraOferece uma interface de usuário descomplicada que permite desenhar diferentes estruturas químicas com facilidade. Você também pode alterar a cor de um átomo, a ordem das ligações, etc. Além disso, existem diferentes estilos para representar uma estrutura química. Além disso, suporta vários formatos para exportar/salvar um modelo molecular, como SDF, SD, CHT, DMOL, GAM, INP, GAMIN, GAMOUT, PDF, SVG, BMP, JPG, PNG , POV-Ray, etc. Você também pode animar seu modelo projetado no Avogadro.
Avogadro
Avogadro é um software gratuito de modelagem molecular para Windows. Ele vem com uma interface simples que oferece um desenho químico sem complicações. Alguns elementos comumente usados (carbono, oxigênio, boro, flúor, fósforo, etc.) estão disponíveis em seu menu suspenso. Outros elementos podem ser selecionados na tabela periódica integrada. Outro menu suspenso é fornecido para selecionar a ordem da ligação como simples, dupla ou tripla. Se você habilitar a opção Ajustar Hidrogênios, o software ajusta automaticamente o número de hidrogênios em um modelo molecular. Além disso, você pode substituir todos os átomos de hidrogênio em uma estrutura química por metil.
Você pode executar as seguintes ações em um modelo molecular:
- Mude seu rótulo (nome).
- Mude a cor de cada átomo de um modelo molecular.
- Altere o raio de cada átomo separadamente em uma estrutura molecular.
Além disso, você também encontrará um vavariedade de modos de exibição para uma estrutura química: esferas de Van der Waals, wireframe, wireframe simples, bastão, etc. Também tem a opção de mostrar ou ocultar momento de dipolo, força, ligação de hidrogênio, etc. em um modelo molecular.
O Avogadro oferece dois tipos de visualização (visualização em perspectiva e visualização ortogonal) para cada modelo molecular. Você pode inserir diretamente as estruturas 3D de grupos químicos, como álcoois, aldeídos, alcanos, alcenos, alcinos, amidas, aminoácidos, carboidratos, ácidos carboxílicos, éteres, ácidos graxos, ligantes, esteróides, tióis, sulfóxidos, etc. Além disso, você também pode inserir estruturas DNA e RNA. Antes de inserir uma estrutura de DNA ou RNA, você pode organizar a sequência de suas bases. Você também pode selecionar se deseja inserir um DNA de fita simples ou DNA de fita dupla.
Animação é um recurso adicional deste software de desenho químico gratuito.
Depois de concluir seu projeto, você pode salvá-lo no many formatos diferentes, como CML, XYZ, ENT, PDB, ALC, CHM, CDX, CDXML, C3D1, C3D2, SDF, SD, CHT, DMOL, GAM, INP, GAMIN, GAMOUT, etc. Além disso, PDF, SVG, BMP, JPG, PNG, e POV-Ray são alguns dos formatos para exportar um projeto de modelo molecular.
Avogadro é um ótimo software de modelagem molecular que vem com muitos recursos. É um dos melhores softwares gratuitos de modelagem molecular.
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Ascalaph Designer
Ascalaph Designer é mais um bom software de desenho molecular nesta lista. Você pode criar modelos moleculares de diferentes compostos selecionando átomos da tabela periódica. Para iniciar a tabela periódica, você deve abrir o painel Desenho livre no menu Construir > Desenho livre. Ou você pode clicar diretamente no botão “Desenhar molécula com o mouse” disponível na barra de ferramentas. Para colocar o átomo selecionado na área de trabalho, você deve pressionar e segurar a tecla Ctrl + Shift. O painel Drawing vem com mais algumas opções junto coma tabela periódica:
- Você pode adicionar ou remover átomos de hidrogênio com um único clique.
- Você pode colocar um átomo de par solitário no espaço de trabalho.
- Você pode alterar a ordem das ligações como simples, duplo, triplo, aromático, quádruplo, quíntuplo, sêxtuplo, sétuplo e óctuplo.
- Caixa de kernel: Esta caixa contém algumas estruturas comumente usadas que você pode usar diretamente em seu modelo químico. Essas estruturas incluem metano, eteno, água, amônia, etc.
O Painel de Desenho também mostra as informações de cada átomo na tabela periódica clicando sobre ele. Essas informações incluem massa molecular de um átomo, sua configuração eletrônica e comprimento das ligações covalentes e de Van der Waals.
Depois de desenhar uma estrutura molecular, você pode analisar sua temperatura, pressão, momento de dipolo, momento de quadrupolo, energia, energia intermolecular, gradiente, etc. Além disso, também possui um recurso de otimização de geometria, por que você pode chalterar a distância entre dois átomos, ângulo entre dois átomos, etc.
Falando em visualizações, você pode representar seu modelo molecular em 5 estilos: bola e bastão, wireframe, wireframe CPK, CPK, e stick.
Permite salvar o modelo molecular em mim, hin, mmol, smol, xmol, etc.
Em suma, Ascalaph Designer é um ótimo software para projetar estruturas moleculares. Baixe agora.
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ArgusLab
Baixe ArgusLab, um software de desenho químico gratuito e crie diferentes modelos químicos. Usando este software gratuito de química, você pode desenhar facilmente as estruturas químicas de vários compostos. Você pode selecionar qualquer elemento para criar uma estrutura química na tabela periódica integrada. Todos os átomos que você colocou em seu modelo estão disponíveis no lado esquerdo do software para facilitar o acesso.
No menu Editar do software, você encontrará uma opção chamada Auto Bonds. A ativação desse recurso formará ligações químicas entre os átomos de um composto. Por padrão, ele forma a ligação simples entre dois átomos. Você pode alterar a ligação simples para ligações duplas, triplas ou híbridas facilmente clicando com o botão direito do mouse nessa ligação. Além disso, várias opções de renderização estão disponíveis para representar uma estrutura química. Você pode definir o modo de renderização para Wireframe, Cylinder Low, Cylinder Medium, BallCylinder Low, BallCylinder Medium, BallCylinder High, etc.
Falando sobre átomos de hidrogênio, você pode adicionar todos os átomos de hidrogênio à estrutura química com um único clique. No entanto, você também pode adicioná-los um a um manualmente. Além disso, você também pode alterar a cor de um átomo.
O ArgusLab também permite realizar Cálculos Gaussianos, Cálculos de Energia, Otimizar a Geometria de um modelo químico, Cálculos de Espectro Eletrônico, Cálculos de Dock Base, etc. Cada um dos cálculos disponíveis pode ser personalizado por seajustar valores de diferentes parâmetros. Por exemplo, posso otimizar o cálculo de geometria alterando diferentes parâmetros, como Conversão de gradiente, Iterações máximas, RHF, etc.
Recursos básicos como aumentar e diminuir o zoom, girar, mover etc. também estão disponíveis.
Por conveniência, algumas estruturas básicas de anéis e aminoácidos são fornecidas no software. Você pode usar essas estruturas diretamente em seu modelo molecular. A seguir estão algumas das estruturas disponíveis:
- Anéis: ciclopropano, ciclobutano, ciclopentano, ciclohexano-cadeira, ciclohexano-barco, antraceno, pirimidina, pirrol, indol, etc.
- Aminoácidos: L-alanina, L-arginina, glicina, L-serina, L-triptofano, L-isoleucina, L-histidina, L-prolina, etc.
Depois de criar um modelo químico, você pode salvá-lo em diferentes formatos: AGL, PDB, MOL, etc. Além disso, você também pode exportar o modelo químico em diferentes formatos gráficos (BMP, JPG, POV, e TIFF).
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MoluCAD
MoluCAD é outro software de desenho químico gratuito para desenhar modelos químicos. Permite desenhar estruturas químicas nos modos 2D e 3D. Alguns elementos comumente usados para fazer uma estrutura química estão disponíveis no painel direito do software. Outros elementos podem ser adicionados ao modelo químico da tabela periódica. Você pode iniciar a tabela periódica no menu Exibir.
Quatro visualizações diferentes estão disponíveis para cada estrutura química, ou seja, vista superior, vista frontal, vista lateral e vista oblíqua. Você pode conectar todos os átomos em uma molécula com ligações simples, duplas, triplas ou híbridas. Além disso, você também pode alterar qualquer átomo ou ligação de uma molécula clicando com o botão direito sobre ela.
Modos de renderização: você terá mais de 5 modos de renderização para representar uma estrutura química. Estes incluem Ball & Stick 1, Ball & Stick 2, Ball & Stick 3, Space Fill, Pipes, Constellation, etc.
MoluCAD cvem com um grande número de estruturas moleculares pré-concebidas categorizadas em diferentes pastas:
- Arquivos legais: As moléculas que você encontrará aqui incluem Apoproteína, Aspartame, Proteínas de ligação, Proteínas de ligação à biotina, Fator de coagulação, Proteína de ligação complexa, Cristalina, Conotoxina, Citocina, DNA , DNA Binding Regulatory Protein, Kinase, Lyase, Photoreceptor, Plant Seed Protein, RNA, Ribosomal Protein, Toxin, Zinc Metalloprotease, e muito mais.
- Elementos: Alguns elementos comuns como Carbono, Bromo, Boro, Oxigênio, etc. estão disponíveis aqui.
- Grupos Funcionais: Grupos Alquil, Acetil, Álcool, Alceno, Aldeído, Carboxil, Éter, Éster, etc. são alguns dos grupos funcionais que você pode acessar em aqui.
- Moléculas: Aminoácidos, Acetofenona, Cloreto de Acetila, Azuleno, Benzeno, Ácido Benzoico, Dicianeto de Carbonila, Brometo de Etila, Naftaleno, etc. são fornecidos nesta seção.
Você pode animar seus modelos químicos criados. A animação girará as estruturas moleculares em uma velocidade definida pelo usuário. Enquanto a animação está rodando, você pode variar a velocidade de cada eixo do modelo molecular separadamente.
Consulta é um recurso importante do MoluCAD. Permite calcular a distância entre dois átomos, comprimento da ligação, ângulo de curvatura, ângulo de torção, massa total do aglomerado, etc.
Ele salva o projeto em seu próprio formato de arquivo MCD compatível. Mas você pode exportar o projeto em diferentes formatos, como JPEG, Windows Bitmap, MDL Molfile, arquivo de texto ASCII, etc.
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YASARA
YASARA é mais um software de modelagem molecular para Windows. É um ótimo software para criar e simular estruturas moleculares únicas, como Metano (CH4), Borano (BH3), etc. Mas não consegui criar as estruturas químicas que contêm mais de uma molécula, como Etano (C2H6), Butano (C4H10), etc. Também tem a opção de adicionar todos os hidrogêniosum átomo/molécula em um único clique. Se eu falar sobre os recursos básicos, você pode fazer o seguinte com um modelo químico:
- Adicionar/Excluir hidrogênios.
- Dividir molécula/resíduo/átomo.
- Unir molécula/resíduo/átomo.
- Molécula/resíduo/átomo de cor.
- Mude o estilo da molécula/resíduo/átomo como Ball, Ball & Stick, e Stick.
- Aumente ou diminua o zoom do modelo, etc.
Também permite alterar a geometria de um modelo químico inflando ou desinflando os átomos. As propriedades do átomo e o conteúdo da cena estão disponíveis na tela. Além disso, também possui um botão de rotação automática, clicando no qual os modelos moleculares começam a girar.
Você pode salvar seu modelo molecular criado como YASARA Scene, YASARA Object, PDB File, Normal Screenshot, etc.
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Jmol
Jmol é um software de modelagem molecular de código aberto baseado em JAVA. Ele não possui muitos recursos avançados em comparação com outros softwares de modelagem molecular nesta lista, mas ainda assim é um bom software de modelagem molecular. Você pode facilmente criar estruturas químicas de diferentes compostos. Além disso, adicionar ou alterar ligações em um composto químicolibra não é uma tarefa difícil.
Alguns elementos comumente usados (carbono, oxigênio, hidrogênio, nitrogênio, flúor, cloro, etc.) estão disponíveis na lista para fazer estruturas químicas. Se o seu modelo químico requer elementos diferentes dos disponíveis, você precisa adicioná-los manualmente escrevendo seus símbolos, digamos Zn para Zinco. Você pode adicionar no máximo 9 elementos para cada composto químico.
A indisponibilidade da tabela periódica no software torna-a bastante instável para modelagem molecular.
Várias visualizações são fornecidas para um modelo: superior, esquerda, direita, inferior e frontal. Além disso, também está disponível a opção de visualização em diferentes eixos.
Você também pode variar as forças de Van der Waals entre os átomos para 15%, 20%, 25% etc. 0,10 Angstroms, 0,15 Angstroms, 0,20 Angstroms, etc. Toda a estrutura molecular pode ser exibida em diferentes estilos, como CPK Spacefill, bola e bastão, estrutura de arame, etc.
A ferramenta de medição permite medir a distância entre dois átomos em uma molécula. A distância medida é exibida em nanômetros, angstroms e picômetros. Você pode aumentar ou diminuir a distância de ligação arrastando um átomo. Ele também tem a opção de animar as estruturas moleculares.
Depois de criar um modelo molecular, você pode salvá-lo nos formatos JPG e POVRay. Além disso, você também pode exportá-lo para uma página da web.