Aqui está uma lista dos Melhores softwares gratuitos de visualização de arquivos XYZ para Windows. XYZ é um formato de arquivo usado por vários softwares de química para transportar estrutura e dados moleculares. Com a ajuda desses softwares gratuitos, você pode visualizar facilmente um modelo molecular contido em um arquivo XYZ. Além disso, esses softwares podem ser usados para visualização de dados moleculares de diferentes formatos, como Protein Databank (PDB), MOL, MOL2, MDL Mol File Format, CIM, CIF File Format, MOPAC File Format, etc.
Falando sobre recursos de visualização de moléculas, você pode encontrar todos os recursos essenciais de visualização e exibição para examinar adequadamente o modelo molecular. As ferramentas mais comuns que você pode encontrar em todos os softwares são girar, ampliar, girar, estilo de renderização (Wireframe, Sticks, Backbone, Sticks, Spacefill, Balls & Stick, Ribbons, Strands, etc.), propriedades de exibição de moléculas, esquemas de cores e modo de tela cheia. Em alguns softwares, você também obtém anúnciosferramentas avançadas como rotação automática, otimização automática, exibição separada, animação, etc. Você também pode visualizar informações básicas e estatísticas relacionadas a átomos, ligações, moléculas, etc.
Muitos desses visualizadores de arquivos XYZ são softwares de modelagem molecular. Assim, você pode encontrar todas as ferramentas padrão de construção de moléculas neles, como Adicionar Hidrogênios, Remover Hidrogênio, Construir Cadeia, Desenho à Mão Livre, Criar Superfícies, etc. Além disso, algumas ferramentas de cálculo úteis para calcular energia, geometria otimizada, etc., também podem ser encontradas em alguns softwares. Em suma, estes são softwares de química em destaque que você também pode usar para visualizar arquivos XYZ.
Meu software visualizador de arquivos XYZ gratuito favorito para Windows:
Avogadro é um ótimo software de visualização molecular que pode ser usado para visualizar XYZ, bem como vários outros arquivos de dados moleculares. É também um software avançado de modelagem molecular com qualidade de ferramentas de construção de moléculas.
Também gostei do IQmolque contém um poderoso conjunto de ferramentas de visualização e análise de moléculas.
Avogrado
Avogadro é um software visualizador de arquivos XYZ de código aberto gratuito para Windows, Mac e Linux. É um software rico em recursos que é usado para visualização molecular, construção e edição. Nele, você pode visualizar modelos moleculares presentes em vários outros formatos, incluindo MOL, MOL2, DMOL, PDB, CML, CIF, FCHK, GAMOUT, SDF, etc. Ele fornece algumas ferramentas de visualização realmente úteis que ajudam a visualizar e analisar uma estrutura molecular de perto. Vamos verificar quais são os recursos de visualização de moléculas oferecidos por este software.
Principais recursos de visualização de moléculas do Avogadro:
- Permite visualizar a estrutura da molécula em projeção ortográfica ou em perspectiva.
- Você pode facilmente girar ou ampliar o modelo usando o mouse.
- Nele, você podeencontre úteis rotação automática, otimização automática, exibição separada, modo de tela cheia e alinhamento moléculas ferramentas.
- Você também pode definir uma cor de fundo diferente para visualizar um arquivo molecular XYZ.
- Permite que você alterne os elementos de um modelo molecular para exibição, como eixos, força, anel, fita, wireframe simples, bastão, superfícies, dipolo, etc.
- Também é fornecida uma ferramenta de medição que você pode usar para medir ângulos, distâncias, etc.
- A visualização personalizada de um modelo molecular contido em um arquivo XYZ pode ser salva em PNG, BMP, JPG, SVG, EPS e outros formatos.
Recursos adicionais:
- Ele fornece um menu Construir dedicado onde você pode encontrar todas as ferramentas de criação de moléculas como Adicionar hidrogênios, Remover hidrogênio, Inserir (Fragmento, DNA/RNA, SMILES, e Peptídeo), Super Cell Builder, Nanotube Builder, Alterar H para Metil, Cartesian Editor, etc.
- Você obtém vários recursos adicionais que podem ser úteis, como Otimizar geometria, Calcular energia, Pesquisa de conformidade, Sombreadores GLSL, Criar superfícies, etc.
Conclusão:
É um software avançado de modelagem molecular que pode ser usado para visualização de vários arquivos moleculares, incluindo XYZ.
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IQmol
IQmol é outro visualizador de arquivos XYZ de código aberto gratuitosoftware para Windows. Ele permite que você simplesmente abra um arquivo XYZ e visualize o modelo molecular salvo nele usando várias ferramentas dedicadas. Além de XYZ, ele suporta alguns outros formatos de arquivo molecular como entrada. Alguns dos formatos suportados incluem PDB, MOL, CUBE e FCHK.
Este software também é usado para construir uma estrutura molecular, pois contém muitas ferramentas de criação de moléculas. Algumas das ferramentas disponíveis incluem Inserir Moléculas por ID, Preencher Valências com Hidrogênios, Definir Isótopos, Definir Restrições Geométricas, Minimizar Estrutura, Selecionar Campo de Força, Simeterizar Molécula, Definir Tolerância de Simetria, etc. Essas ferramentas podem ser acessado a partir do menu Construir. Você pode usar essas ferramentas para editar XYZ ou outro arquivo molecular compatível.
Recursos de visualização de moléculas deste visualizador de arquivos XYZ:
- Você pode importar vários arquivos XYZ nele e visualizá-los todos juntos no mesmo espaço.
- Ele permite que você gire ou amplie a estrutura molecular com a ajuda de seurato.
- Também permite explorar diferentes aspectos da estrutura da molécula XYZ, como informações genéricas, átomo, comprimento de ligação, geometrias, etc.
- Além dos recursos mencionados acima, você obtém mais algumas opções relacionadas à exibição, como tela cheia, mostrar eixos, configurações da câmera (projeção, rotação automática, posições, etc.), aparência (ambiente, difuso, força do nevoeiro, destaques, intensidade do ruído, etc.), rótulos atômicos (índice, elemento, massa, NMR, carga parcial, densidade de rotação) , etc.
- Você pode salvar a visualização molecular como arquivo de imagem, incluindo PNG e BMP.
Recursos adicionais:
- Algumas ferramentas adicionais como Gravar Animação, Gerar Entrada PovRay, etc., também são fornecidas nele.
- Uma ferramenta de cálculo dedicada para calcular energia, forças, geometria, mudanças químicas, frequências, etc., também está presente nele.
Conclusão:
É um dos visualizadores de arquivos XYZ com mais recursos, que também pode ser usadosed para construção ou edição molecular.
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Molécula
Molekel é um software de visualização molecular dedicado que você pode usar para visualizar o arquivo XYZ. Além do arquivo XYZ, você pode visualizar vários outros arquivos moleculares nele, como PDB, MOL, MOL2, TMOL, YOB, ALC, SDF, SMI, RXN, PCM, PQS, etc. que ajudam você a analisar uma estrutura molecular de perto.
Recurso Principalturas:
- Ao importar um arquivo XYZ para ele, você pode visualizar o modelo e as estatísticas relacionadas, como átomos, ligações, energia, resíduos, multiplicidade de spin, carga, conformadores, massa molar, massa exata, frequências de vibração, etc., em sua interface principal.
- Você pode visualizar vários arquivos XYZ ao mesmo tempo nele.
- Permite que você personalize a visualização do arquivo XYZ configurando as configurações de exibição da molécula, plano de fundo, propriedades da visualização 3D, alternando várias opções de visualização (sonda de plano, barra escalar MEP, caixas delimitadoras, eixos, etc.) e muito mais.
- Usando o mouse, você pode facilmente girar, girar ou ampliar a estrutura molecular.
- Fornece diferentes opções de visualização interativa, incluindo Camera, Pick Atom/Bond, Event Recorder, etc.
- Além disso, algumas configurações de geração de superfície e análise de moléculas (Plane Probe, Distance, Angle, Radiation Spectrum, etc.) também podem ser encontradas nele.
Conclusão:
É outro bom fvisualizador de arquivos ree XYZ com um conjunto avançado de ferramentas de exibição de moléculas e uma GUI amigável.
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ArgusLab
ArgusLab é um software de modelagem molecular que também atua como visualizador de arquivos XYZ. Possui algumas ferramentas avançadas relacionadas à visualização molecular, bem como à construção de moléculas. Você pode visualizar e analisar arquivos XYZ, bem como a estrutura da molécula carrem formatos como PDB, MOL, MOL2, etc.
Principais recursos de visualização molecular:
- As ferramentas básicas de visualização, como girar, ampliar, girar, etc., são fornecidas nele.
- Você pode definir configurações relacionadas a cor, estilo de renderização (wireframe, cilindro, cilindro esférico, CPK), campo elétrico, iluminação, plotagem rápida de superfícies, monitor de geometria , etc.
- Você pode visualizar informações básicas sobre estruturas moleculares relacionadas a átomos, resíduos, grupos, etc.
- Ele também permite que você personalize as configurações do rótulo atômico.
- A imagem da estrutura molecular pode ser salva em vários formatos, incluindo PDF, TIFF, BMP, JPG e POV.
Recursos adicionais:
- Ele pode ser usado na edição de moléculas com a ajuda de opções como adicionar átomos, adicionar hidrogênios, excluir hidrogênio, criar e editar superfícies, etc.
- Você pode calcular diferentes parâmetros da estrutura de uma molécula, como energia, geometria otimizada, gaussiana, espectros eletrônicos ZINDO, etc.
Conclusão:
É um bom software de modelagem e visualização molecular, com o qual você também pode visualizar e analisar moléculas salvas em arquivos XYZ.
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Jmol
Jmol é um software portátil gratuito de visualização de arquivos XYZ para Windows. É um software baseado em Java, portanto, certifique-se de ter Java instalado emseu sistema antes de executá-lo. Além disso, como é um software portátil, você pode usá-lo diretamente sem passar por um processo de instalação complicado.
Principais recursos de visualização de moléculas do Jmol:
- Você pode personalizar várias configurações de exibição para visualizar a estrutura molecular salva em um arquivo XYZ, como tamanho do átomo, raio de ligação, mostrar medições , exibir rótulos (número, símbolo, nome, etc.), mostrar eixos, caixa delimitadora, profundidade de perspectiva, etc.
- Você pode personalizar as configurações de exibição da superfície, como superfície de ponto, superfície de van der Waal, superfície de solvente, etc.
- Permite que você alterne a visualização da estrutura molecular para cima, frente, baixo, direita, esquerda, etc.
- Você pode girar, girar ou aplicar zoom para analisar corretamente o arquivo XYZ.
- Ele fornece uma opção para exportar a visualização do arquivo XYZ importado para a imagem JPG.
Recursos adicionais:
Além das ferramentas já mencionadas, você obtém alguns recursos mais úteis nelaincluindo Medidas, Animar, Ferramenta de Superfície, Vibrar, AtomSetChooser, etc.
Conclusão:
É um visualizador de arquivos XYZ fácil de usar, com o qual você também visualiza arquivos moleculares como PDB, MOL, MOL2, XYZ, CML, ENT, etc.
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RasMol
RasMol é mais um visualizador de arquivos XYZ de código aberto gratuito para Windows. Ele é especialmente projetado para visualizar estruturas moleculares armazenadas em diferentes formatos de arquivo, incluindo Alchemy File Format, Protein Data Bank (PDB), Sybyl MOL2 Format, MDL Mol File Format, CIF File Format, MOPAC File Format, etc. EUt fornece todas as ferramentas essenciais para visualizar a estrutura molecular de acordo. Vamos conferir seus principais recursos de visualização.
Recursos principais de visualização de moléculas deste visualizador de arquivos XYZ de código aberto:
- Você pode alterar o estilo de visualização para Wireframe, Backbone, Sticks, Spacefill, Balls & Stick, Ribbons, Strands, Cartoons, ou Molecular Surface.
- Você pode personalizar o modo de cor (monocromático, estrutura, cadeia, grupo, modelo, usuário, temperatura, etc.) para visualizar a estrutura molecular.
- Várias outras opções de exibição também podem ser ativadas ou desativadas de acordo, como modos de placa, hidrogênios, heteroátomos, rótulos, estéreo, etc.
Recurso adicional:
Você pode exportar facilmente a visualização do arquivo XYZ para vários formatos de arquivo, como PPM, Sun Raster, BMP, GIF, IRIS RGB, PostScript, POVRay, VRML, Raster3D, etc.
Conclusão:
É um visualizador de arquivos XYZ decente com opções básicas de exibição. Você também pode ver outras moléculasr usando este software.
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Ascalaph Designer
Ascalaph Designer é o próximo visualizador de arquivos XYZ gratuito nesta lista. Ele é usado para vários utilitários relacionados à construção molecular, visualização de moléculas, análise de estrutura de moléculas, etc. Em termos de visualização de arquivos XYZ, você obtém todas as ferramentas de exibição padrão e algumas adicionais. Além de XYZ, você pode abrir e visualizar arquivos PDB, MMOL, MOL2, ENT e outros arquivos moleculares nele.
Recursos de visualização molecular esperados:
- Você pode alterar o estilo de renderização para wireframe, CPK wireframe, bola e bastões, bastão, CPK, etc.
- A rotação básica através do mouse pode ser feita para visualizar a estrutura da molécula de diferentes lados e ângulos.
- Ao abrir um arquivo XYZ nele, você pode visualizar suas informações como condições de contorno, campo de força, massa, número de átomos, ligações e moléculas, etc.
Recursos adicionais:
- Você obtém muitas ferramentas úteis de modelagem molecular nele. Por exemplo, construa cadeias, ligue moléculas, desenhe livremente, construa cristais, nanoestruturas, etc.
- Permite calcular energia e energia intermolecular junto com outros parâmetros, como ângulo, torção, etc.
Conclusão:
É um software de construção molecular bem projetado que você também pode usar para visualizar estruturas moleculares de XYZ e outros arquivos suportados.
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COSMOview
COSMOview é mais um visualizador de arquivos XYZ gratuito para Windows. Não apenas XYZ, você pode visualizar alguns outros arquivos moleculares nele, como PDB, SDB, WRL, MOL2, etc. Ele fornece todas as ferramentas básicas que ajudam a visualizar uma estrutura molecular. Vamos ver quais são suas principais ferramentas de visualização de moléculas.
Principais características:
- Você pode girar o modelo molecular usando o mouse.
- Algumas configurações de visualização também podem ser personalizadas de acordo com suas preferências, como cor de fundo, fator de escala atômica, suavidade da esfera, exibição de ligação, configurações de rótulo, etc.
- Permite salvar a visualização da estrutura da molécula como uma imagem PNG.
Conclusão:
É um visualizador de arquivos XYZ simples e básico que você podeum uso para visualizar alguns outros arquivos moleculares.
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PubChem (Pc3D Molecule Viewer)
PubChem (Pc3D Molecule Viewer) é outro bom visualizador de arquivos XYZ para Windows e Mac. É um software de visualização molecular 3D dedicado para visualizar estruturas moleculares de formatos, incluindo arquivos SD (SDF), arquivos moleculares compactados (GZIP) e arquivos de modelo molecular (XYZ). Você obtém apenas algumas ferramentas básicas de visualização mencionadas abaixo.
Principais recursos do PubChem:
- Exibe um arquivo XYZ na estrutura Tile and Overlay modes.
- Você pode adicionar moléculas de outro arquivo XYZ ou compatível ao arquivo atual.
- Ele permite que você analise adequadamente o modelo molecular usando opções como girar, ampliar, rolar, alinhar, mostrar/ocultar elementos (informações da molécula, átomos, ligações, símbolos, carbono, etc.), e muito mais.
- Algumas configurações gerais e relacionadas a átomos e ligações também podem ser personalizadas, como qualidade de imagem, modelo de luz, mostrar informações da molécula, projeção ortogonal, escala de átomos, coloração de átomos, ordem de exibição de ligações, coloração de ligação, informações de ligação, etc.
Conclusão:
É um bom visualizador de arquivos XYZ com apenas ferramentas de visualização molecular seletivas, mas úteis.
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VMD
VMD é outro visualizador de arquivos XYZ gratuito para Windows, Mac e Linux. Você pode usá-lo para visualizar arquivos moleculares de diferentes formatos além de XYZ, como PDB, MOL, PLY, PQR, GRASP, Tinker, etc. Como outro software, você pode encontrar todas as ferramentas básicas de visualização nele. Ele fornece janelas separadas para navegar, visualizar e configurar parâmetros de exibição.
Principais recursos deste visualizador de arquivos XYZ:
- Você pode configurar facilmente as propriedades de representação, cor, materiais e rótulos para personalizar a visualização molecular.
- Recursos como rotação automática, perspectiva ou visão ortogonal, indicador de FPS, mudança de plano de fundo, estéreo, palco, modo de renderização, etc., também estão presentes nele.
- Para girar, transladar, dimensionar, adicionar etiquetas de átomo, ligação, ângulo ou diedro, adicionar ou remover ligações, etc., você pode usar o menu do mouse our próprio mouse.
- Permite renderizar e salvar formatos de visualização de estrutura molecular como STL, Raster3D, POV-Ray, VRML, Wavefront, etc.
Recursos adicionais:
- Ele contém um conjunto dedicado de ferramentas de análise que ajudam a avaliar o modelo molecular, como Analisar Simulação FEP, Mapeador de calor, Gráfico NAMD, Calculadora RMSD, Análise de variável coletiva, etc.
- Mais algumas extensões relacionadas a modelagem, editor de dados, simulação, etc., estão disponíveis nele.
Conclusão:
Esta pode ser sua outra alternativa para um visualizador de arquivos XYZ se você estiver procurando por algumas ferramentas avançadas de visualização e análise de moléculas.
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Zeus PDB Viewer
Zeus PDB Viewer, como o nome sugere, é um visualizador de arquivos PDB gratuito que também permite visualizar arquivos XYZ. Além desses dois formatos, você pode visualizar modelos moleculares nos formatos MOL e MOL2. Para ajudá-lo a visualizar a estrutura molecular salva em arquivos XYZ, você obtém todas as ferramentas padrão mencionadas abaixo.
Principais recursos de visualização molecular:
- Ele fornece diferentes guias para visualizar o modelo molecular 3D e átomos, ligações, estrutura e arquivo detalhes.
- Você pode alternar o estilo de visualização da estrutura molecular entre os fornecidos, incluindo estrutura de arame, bola e bastão, bolas e arame, tubos triangulares, tubos quadrados e preenchimento de espaço.
- Ele também fornece uma ferramenta útil de Girar automaticamente.
- Você também pode configurar a qualidade de renderização para alta, muito, alta, baixo, médio, etc.
- Permite salvar uma imagem de estrutura molecular no formato BMP.
Recursos adicionais:
- Compute H-Bonds, Bond Non-Bonded Atoms, Show Model Sequence, Find Sequence e outras ferramentas adicionais também são fornecidas neste visualizador de arquivos XYZ.
- Ele fornece um recurso “Baixar e abrir” que permite baixar um arquivo de banco de dados de proteínas usando o ID PDB e a localização do servidor.
Limitação:
Durante meus testes, este software travou algumas vezes.
Conclusão:
É um software decente para visualizar XYZ e outros arquivos de dados moleculares sem muita dificuldade.
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BALLView
BALLView é mais um software de visualização molecular que você pode usar como visualizador de arquivos XYZ. Além de XYZ, você pode visualizar mais arquivos de dados moleculares nele, incluindo PDB, HIN, BRK, ENT, MOL, MOL2, SDF e AC.
Principais recursos:
- Algumas preferências de exibição de moléculas, como cores, configurações da câmera, plano de recorte, rótulos, ativar modo de rotação/seleção/mover, configurações de material, etc., podem ser personalizadas de acordo .
- Você também pode selecionar o modo de desenho (wireframe, dots, solid, toon) e o modelo de exibição (bastão, bola e bastão, espinha dorsal, fita, forças, etc.) conforme sua escolha.
- Você pode salvar a estrutura molecular com a visualização personalizada em formatos, incluindo imagem PNG, cena POV-Ray e arquivo de dados de prototipagem 3D.
Conclusão:
Em suma, é um software decente para visualizar arquivos de estrutura molecular, incluindo XYZ.