Aqui está uma lista dos melhores softwares editores de PDB gratuitos para Windows. Estes são basicamente softwares de modelagem molecular que permitem editar arquivos Protein Data Bank (PDB) que contêm estruturas moleculares 3D. Você pode adicionar/remover átomos de hidrogênio diretamente, inserir vários elementos químicos da tabela periódica, definir ligações, adicionar nanoestruturas, transformar estruturas moleculares, etc. >insira várias moléculas, DNA, aminoácidos, diferentes grupos funcionais, etc. Ao todo, você obtém todas as ferramentas essenciais neste software para editar facilmente arquivos PDB.
Além do PDB, você também pode usar o software listado para editar arquivos moleculares, incluindo XYZ, MOL, MOL2, etc. Esses softwares também fornecem um excelente ambiente de visualização de moléculas para visualizar estruturas moleculares em 3D. Você tem à mão girar, deslocar, aplicar zoom, estilo de desenho, rotação automática e mais recursos que ajudam você a pVisualize corretamente um PDB ou qualquer outro arquivo químico compatível.
Em muitos desses editores de arquivos PDB, você obtém recursos de análise e cálculo para estimar vários parâmetros relacionados à estrutura de uma molécula. Esses parâmetros incluem geometria otimizada, energia, comprimento de ligação, momento de dipolo, momento de quadrupolo, etc. Em geral, esses são softwares bastante ricos em recursos que também podem ser usados para editar arquivos PDB.
Meu software de edição de PDB gratuito favorito para Windows:
Avogadro é meu software favorito, pois você obtém todos os recursos necessários para editar arquivos PDB sem muito trabalho. Nele, você pode encontrar um conjunto adicional de ferramentas que o ajudam na modelagem e análise molecular.
IQmol é outro dos meus favoritos, pois vem com uma GUI limpa e amigável. Também gosto de seus recursos que permitem visualizar modelos moleculares adequadamente.
Avogrado
Avogadro é um software editor PDB de código aberto gratuito para Windows. Basicamente, é um software de modelagem molecular 3D usado para visualizar, criar e editar estruturas moleculares. Além do PDB, ele suporta diferentes formatos de arquivo molecular, incluindo CML, XYZ, MOL, MOL2, ENT, GAMOUT, etc. Vamos verificar quais são os recursos que você obtém nele.
Principais recursos deste editor PDB gratuito:
- Ele fornece um Editor cartesiano para fazer alterações manualmente no comprimento da ligação.
- Você pode adicionar hidrogênios ou remover hidrogênio da estrutura molecular. Ele também oferece uma opção prática de adicionar hidrogênios ácidos a grupos ionizáveis.
- Você tem a opção “Mudar H para Metil” para converter o hidrogênio presente na estrutura em grupo Metil.
- Um recurso Inserir útil é fornecido para inserir diretamente ácido nucleico (DNA/RNA), fragmentos do banco de dados embutido de fr molecularagentes (álcoois, alcanos, aminoácidos, carboidratos, etc.), fragmentos SMILES (sistema de entrada de linha de entrada molecular simplificado) e peptídeo.
- Além disso, ele também fornece recursos, incluindo Super Cell Builder e Nanotube Builder.
- Você também pode reverter as propriedades geométricas iniciais para a configuração R/S oposta usando o botão dedicado.
Recursos adicionais:
- Contém um menu Cristalografia que permite adicionar/remover células unitárias, traduzir átomos, construir placas de superfície, agrupar átomos em células, importar cristais da área de transferência, etc. .
- Você obtém um recurso de Mecânica Molecular que permite configurar o campo de força, calcular energia, procurar conformadores, aplicar restrições, etc.
- Optimize Geometry, GLSL Shaders, Molecular Graphs, etc., são mais algumas ferramentas que você pode encontrar neste editor de PDB.
- É um bom momentosoftware de visualização lecular também, pois fornece ferramentas úteis como rotação automática, otimização automática, modo de tela cheia, zoom in/out, etc.
Conclusão:
O Avogadro é um dos melhores editores de PDB gratuitos, pois você obtém um conjunto avançado de ferramentas moleculares de construção, visualização e análise.
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IQmol
IQmol é outro editor PDB de código aberto gratuito para Windows. Usando-o, você pode editar o arquivo PDB como well como outros arquivos moleculares, incluindo MOL, CUBE, XYZ e FCHK. Ele fornece um menu Construir dedicado, no qual você pode encontrar todas as ferramentas necessárias para criar ou editar um modelo molecular.
Principais recursos deste editor PDB gratuito:
- Você pode adicionar moléculas ao arquivo PDB usando identificadores SMILES ou InChI.
- Ele fornece uma tabela periódica embutida para adicionar os elementos desejados à estrutura molecular.
- Permite adicionar grupos funcionais, EFP ou moléculas diferentes ao modelo usando o banco de dados fornecido.
- Você também pode encontrar opções úteis como Preencher valências com hidrogênios, Recuperar ligações, Definir isótopos, Minimizar estrutura, Traduzir para o centro, Simetrizar estrutura, Detecção automática de simetria, Selecionar campo de força (Chemical, Gaff, UFF, etc.), e mais que ajudam você a editar o arquivo PDB.
Recursos adicionais:
- Você também pode calcular energia, forças, geometria, químicaturnos, frequências, etc., usando seu recurso de cálculo Q-Chem.
- Ele oferece recursos como Gravar Animação, Salvar Instantâneos de Animação, Gerar Entrada PovRay, etc., que podem ser úteis.
- Além da modelagem e edição molecular, é um visualizador de moléculas muito bom com ferramentas como girar, zoom, tela cheia, configurações da câmera, aparência , etc.
Conclusão:
É um dos meus editores de PDB favoritos, pois vem com todas as ferramentas essenciais de modelagem molecular em uma GUI limpa e intuitiva.
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ArgusLab
ArgusLab é um software editor de PDB sem complicações para Windows. Nele, você pode importar facilmente um arquivo PDB e editá-lo de acordo com seus requisitos. É principalmente um software de modelagem molecular com o qual você pode criar um modelo molecular a partir do zero. Você também pode abrir e visualizar vários arquivos moleculares em 3D, como XYZ, MOL, MOL2, etc.
Principais recursos de edição de PDB:
- Você pode adicionar átomos de vários elementos diretamente usando a Tabela Periódica integrada.
- Permite adicionar, remover ou ocultar átomos de hidrogênio.
- Você pode criar ligandos, locais de ligação ou outros grupos funcionais.
- Um recurso “Add Fragment Mode” também é fornecido para adicionar diretamente estruturas de anéis e aminoácidos como Cyclopropane, Cyclobutane, Cyclopentane, Cyclohexane-Chair, Cyclohexane-Boat, Anthracene, Pyrimidine, Pyrrole, indole, Lalanina, L-arginina, Glicina, L-serina, L-triptofano, L-isoleucina, L-histidina, L-prolina, etc.
- Ele também oferece uma opção Auto Bonds dedicada.
- As ferramentas de seleção padrão, como selecionar vizinhos, inverter seleção, etc., também são fornecidas nele.
- Geometria Limpa, Hidrogênios Limpos e Hibridização Limpa podem ser usados para otimização de modelos moleculares.
- Um prático navegador de objetos é fornecido em seu painel esquerdo, de onde você pode editar diferentes aspectos (átomos, grupos, etc.) de um arquivo PDB.
Recursos adicionais:
- Você pode realizar muitos cálculos relacionados a um arquivo PDB ou outro modelo molecular, como energia, otimização de geometria, gaussiano, etc.
- Também é bom na visualização de moléculas para visualizar os arquivos químicos suportados. Algumas ferramentas de visualização que você obtém incluem girar, ampliar, girar, desenhar estilo, etc.
Conclusão:
É outro nice e um editor de arquivos PDB sem complicações, usando o qual você também pode calcular diferentes parâmetros de um modelo molecular.
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Ascalaph Designer
Ascalaph Designer é um software editor de PDB portátil para Windows. É um software de modelagem molecular em destaque que você pode usar para criar novas estruturas moleculares ou editar as existentes. Para edição, suporta mais alguns formatos outrosdo que PDB, que incluem MMOL, MOL2, ENT e XYZ. Além de construir modelos moleculares, também pode ser usado para visualização e análise de moléculas.
Principais características:
Para editar o arquivo PDB, você pode usar o menu Build que contém as seguintes opções:
- Você pode construir uma cadeia de moléculas diferentes, incluindo aminoácidos, DNA, pentamidina, etc.
- Ele permite que você construa cristais especificando vários parâmetros relacionados, como sistema de cristal, parâmetros de rede, cópias de células, etc.
- Você também pode desenhar moléculas usando o mouse da tabela periódica. Use “Ctrl+Shift+mouse” para desenhar elementos no modelo.
- Você também obtém estruturas de nanocarbono para adicionar ao modelo molecular.
- Algumas ferramentas úteis como “ligar duas moléculas usando hidrogênios selecionados”, detectar ligação, detectar moléculas, combinar átomos, remover conflitos, etc., também estão disponíveis nele.
Recursos adicionais:
- Ferramentas de análise para examinar diferentes aspectosde um modelo molecular são fornecidos por este software, como RDF, momento dipolar, momento quadrupolo, geometria, energia, energia intermolecular, pressão, temperatura, etc.
- Você também obtém um recurso Compute que fornece várias opções de cálculo, como Dynamics, Monte-Carlo, Replica exchange, Optimize, etc.
Conclusão:
É outro bom software com o qual você pode construir novas estruturas moleculares ou editar modelos contidos em um arquivo PDB ou qualquer outro arquivo compatível.
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MoluCAD
MoluCAD é um software editor de PDB fácil de usar para Windows. Nele, você também pode editar arquivos MOL e XYZ. Você pode simplesmente abrir um arquivo PDB usando o recurso Arquivo > Importar e modificar a estrutura usando as ferramentas de modelagem disponíveis. Além disso, você também pode simplesmente visualizar os arquivos moleculares suportados nele.
Principais recursos de edição de PDB:
- Você pode adicionar átomos da tabela periódica e conectá-los conforme necessário. Ele também permite que você insira átomos manualmente inserindo as coordenadas.
- Ele fornece um recurso para adicionar uma estrutura de anel ao modelo.
- Ele também contém um banco de dados de várias moléculas, elementos, grupos funcionais, etc., que você pode adicionar diretamente ao modelo PDB atual.
- No menu Edit, você pode encontrar recursos úteis como Arrastar/Girar, Mover, Dividir Bond, Propriedades do Átomo, BondPropriedades, etc.
Recursos adicionais:
- Ele fornece um conjunto útil de opções de visualização de moléculas, como modo de arrastar, modo gráfico, girar continuamente, zoom, panorâmica, etc.
- Você também pode calcular distância entre átomos, comprimento de ligação, ângulo de curvatura, ângulo de torção, encontrar anéis, centro de massa, massa total de um aglomerado, etc.
- Ele contém um recurso de “Energia” que permite avaliar a energia, minimizar a energia, mostrar índices atômicos, mostrar o tipo MM3, etc.
- Além do PDB, você pode exportar um modelo molecular em formatos de planilha do MS Excel, formatos gráficos, MOL, XYZ, etc.
Conclusão:
É mais um software gratuito que você pode usar para editar arquivos PDB e construir novos modelos moleculares.